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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004449

染色体: Chr03 坐标: 62624327-62627720 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004449
名称SmilChr03G004449
描述probable beta-1,4-xylosyltransferase IRX9H
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62624327 - 62627720 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015265
GeneID131015265
locus_tag-
NCBI NameLOC131015265
原始查询SmilChr03G004449

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable beta-1,4-xylosyltransferase IRX9H
产物probable beta-1%2C4-xylosyltransferase IRX9H
ArabidopsisAT1G27600 (IRX9-L)
Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839652]
identity=43.3; qcov=0.979; evalue=6.44e-108; confidence=medium
RiceOs01g0675500 (OsIRX9L)
probable glucuronosyltransferase Os01g0675500 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4325514]
identity=39.3; qcov=1.04; evalue=4.24e-94; confidence=medium
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0009834 (plant-type secondary cell wall biogenesis); GO:0010417 (glucuronoxylan biosynthetic process); GO:0015018 (galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase activity); GO:0042285 (xylosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03360 (Glyco_transf_43)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057799564.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799564.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799564.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799564.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799564.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62625446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C78
Chr3:62625460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C78
Chr3:62625492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:62625517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:62625577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,B76
Chr3:62625605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,B76
Chr3:62625733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr3:62625778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr3:62625832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:62626006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C31
Chr3:62626049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C19,C5
Chr3:62626159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799564.1
433 aa
N
1
216
433
Glyco_transf_43
C
PF03360 Glyco_transf_43 203-413 aa
XP_057799565.1
433 aa
N
1
216
433
Glyco_transf_43
C
PF03360 Glyco_transf_43 203-413 aa
XP_057799566.1
432 aa
N
1
216
432
Glyco_transf_43
C
PF03360 Glyco_transf_43 203-412 aa
XP_057799567.1
432 aa
N
1
216
432
Glyco_transf_43
C
PF03360 Glyco_transf_43 203-412 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799564.1 Pfam PF03360 Glyco_transf_43 Family 203 413 7e-61 206.4 Glycosyltransferase family 43
XP_057799565.1 Pfam PF03360 Glyco_transf_43 Family 203 413 7e-61 206.4 Glycosyltransferase family 43
XP_057799566.1 Pfam PF03360 Glyco_transf_43 Family 203 412 1.4e-62 211.9 Glycosyltransferase family 43
XP_057799567.1 Pfam PF03360 Glyco_transf_43 Family 203 412 1.4e-62 211.9 Glycosyltransferase family 43

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943582.1
TATACACATTGAAAAATTCTATCCATGCATGTGTTCTTGATCATTATTCCAAATTTTGAGTTTTGCATAATGACTTTCTGCAAAGATACTGCCTTTTCTATTTATTTATTTTTTTGCCTTGAATCATCATAAATTTTTCAGTAATCTTTTTGTTGTAGATCTGAGGTAAAGACTTTAATAATTTAATGGGATTCTGGGCCCTCTTTCTATTGTGAATTTTTTTGATTTTTTTTTTTGAGTTGCAGAAGAAAACAACACAC...
XM_057943581.1
TATACACATTGAAAAATTCTATCCATGCATGTGTTCTTGATCATTATTCCAAATTTTGAGTTTTGCATAATGACTTTCTGCAAAGATACTGCCTTTTCTATTTATTTATTTTTTTGCCTTGAATCATCATAAATTTTTCAGTAATCTTTTTGTTGTAGATCTGAGGTAAAGACTTTAATAATTTAATGGGATTCTGGGCCCTCTTTCTATTGTGAATTTTTTTGATTTTTTTTTTTGAGTTGCAGAAGAAAACAACACAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131015265
ATGGCATCAATTAGAAGAACACTGTCTCCCGTTCCTCGGCCAGGGGGTTTAGGCAATGGCGAGGCTTGTCAGGTGGCGTCGCCTCTGTCCAAGTCGTCTTCCAACAGTCAGAACTACCCTCCACACGGGGGGCTGTTGTCTTCCTCGCCTGGCTTCTTGGACTATACGTTGTACAGAATCCAGAGCTTCGTTCTTGGCCTTTTCTCACACCGGGCTTCTAGGGATGTTGATAGGTCGAGGATGAAGGGGCAGAGTTGGCG...
LOC131015265
ATGGCATCAATTAGAAGAACACTGTCTCCCGTTCCTCGGCCAGGGGGTTTAGGCAATGGCGAGGCTTGTCAGGTGGCGTCGCCTCTGTCCAAGTCGTCTTCCAACAGTCAGAACTACCCTCCACACGGGGGGCTGTTGTCTTCCTCGCCTGGCTTCTTGGACTATACGTTGTACAGAATCCAGAGCTTCGTTCTTGGCCTTTTCTCACACCGGGCTTCTAGGGATGTTGATAGGTCGAGGATGAAGGGGCAGAGTTGGCG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057799564.1
MASIRRTLSPVPRPGGLGNGEACQVASPLSKSSSNSQNYPPHGGLLSSSPGFLDYTLYRIQSFVLGLFSHRASRDVDRSRMKGQSWRRAYLHFLLCFVVGVFVGLTPFVPLSLSTDAMPKQEAFDFELLGLKNEMPIVGKVSLQENSTLEREKVDVEVKSPPSDLILLNKSLDLSSGVVFDKLLIIITPTHARPLQAYFLDRLAHTLRLIRHPLLWIVVEMNSQSMETAELLRNSGVMYRHLVCSIKNATEITDRSALLR...
XP_057799565.1
MASIRRTLSPVPRPGGLGNGEACQVASPLSKSSSNSQNYPPHGGLLSSSPGFLDYTLYRIQSFVLGLFSHRASRDVDRSRMKGQSWRRAYLHFLLCFVVGVFVGLTPFVPLSLSTDAMPKQEAFDFELLGLKNEMPIVGKVSLQENSTLEREKVDVEVKSPPSDLILLNKSLDLSSGVVFDKLLIIITPTHARPLQAYFLDRLAHTLRLIRHPLLWIVVEMNSQSMETAELLRNSGVMYRHLVCSIKNATEITDRSALLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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