Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004455`

染色体: Chr03 坐标: 62658194-62660437 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004455`
名称	SmilChr03G004455
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g03360-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	62658194 - 62660437 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019140`
GeneID	`131019140`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019140`
原始查询	`SmilChr03G004455`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g03360-like
产物	F-box/LRR-repeat protein At3g03360-like
Arabidopsis	`AT5G22700` (AT5G22700) LOW protein: F-box/FBD/LRR-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832335] identity=23.1; qcov=0.828; evalue=7.29e-16; confidence=weak
Rice	`Os06g0161300` (OsFbox297) - identity=26.1; qcov=0.933; evalue=1.16e-22; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019140

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803808.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803808.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803808.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803808.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057803808.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:62658483`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C27
`Chr3:62658483`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C27
`Chr3:62658524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C44,D10
`Chr3:62658563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B81,C32,C68
`Chr3:62658581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B137,C75,D10
`Chr3:62658610`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	D6
`Chr3:62658610`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	D6
`Chr3:62658621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr3:62658661`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B60,C23,C42,C62
`Chr3:62658661`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B60,C23,C42,C62
`Chr3:62658669`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B60,C23,C42,C62
`Chr3:62658669`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B60,C23,C42,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803808.1

476 aa

238

476

F-box

LRR_At1g61320_AtMIF1

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 22-57 aa PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 101-430 aa PF24758 LRR_At5g56370 109-254 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803808.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	22	57	1.3e-06	28.8	F-box domain
`XP_057803808.1`	Pfam	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	Repeat	101	430	1.2e-15	58.6	At1g61320/AtMIF1, LRR domain
`XP_057803808.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	109	254	8.6e-11	42.6	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947825.1
ATGGAAAAATCCAGAAAACAAAAGCAAAAGCGGATGATGGGAATAGACAGTAATGGTGGTGATATTGATAGGTTGCCTGATGATGTAGTGATTAACATTCTGTCACACATGAGCATCAAGAGAGCTGCGAGGACTAGTGTCCTCGCACATAAATGGAGATATCTTTGGAGGTTTTCCCATGGGATTCTTCGATTTGATGGGAAACTAATGGGAAATGAAAAGTTCGAGTCGTGGGTGAATGGTGTGCTGGATCTTCATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019140
ATGGAAAAATCCAGAAAACAAAAGCAAAAGCGGATGATGGGAATAGACAGTAATGGTGGTGATATTGATAGGTTGCCTGATGATGTAGTGATTAACATTCTGTCACACATGAGCATCAAGAGAGCTGCGAGGACTAGTGTCCTCGCACATAAATGGAGATATCTTTGGAGGTTTTCCCATGGGATTCTTCGATTTGATGGGAAACTAATGGGAAATGAAAAGTTCGAGTCGTGGGTGAATGGTGTGCTGGATCTTCATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803808.1
MEKSRKQKQKRMMGIDSNGGDIDRLPDDVVINILSHMSIKRAARTSVLAHKWRYLWRFSHGILRFDGKLMGNEKFESWVNGVLDLHQAPYIEGMIISFEMTSTSPAAVEKWLNFAVRKEVQRLELNLSFGDMYRQKFLRMCRYIFPTLDELRSHSHSHAFCRLRSLRLAHVEITVDVVHYFLASCPDLEELRIQLSYKFWGHLRVVDPPSLRVLEITRCLFVKSLEISAVRLVSLIYGGPKNSLLLKKAPNLRELCVRGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器