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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004458

染色体: Chr03 坐标: 62675581-62680429 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004458
名称SmilChr03G004458
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62675581 - 62680429 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015229
GeneID131015229
locus_tag-
NCBI NameLOC131015229
原始查询SmilChr03G004458

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=38.5; qcov=1.03; evalue=3.1e-160; confidence=medium
RiceOs11g0208900
-
identity=38.8; qcov=1.03; evalue=1.05e-161; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015229

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799509.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799509.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799509.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799509.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799509.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62676730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C13,C48
Chr3:62676753 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C13,C48
Chr3:62676756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:62676807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B79,C43,D11
Chr3:62676819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B125
Chr3:62676843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B131,B74,C13
Chr3:62676845 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A11,B109,B111,B45,B48,B62,B82,C11,C36,C38,C51,C6,C69
Chr3:62676870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,D10
Chr3:62676879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:62676910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:62676917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B133,B22
Chr3:62676918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,B57,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799509.1
790 aa
N
1
395
790
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 43-64 aa PF00560 LRR_1 66-88 aa PF00560 LRR_1 118-140 aa PF00560 LRR_1 192-213 aa PF00560 LRR_1 215-236 aa PF00560 LRR_1 264-285 aa PF00560 LRR_1 311-333 aa PF00560 LRR_1 335-356 aa PF00069 Pkinase 479-778 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 481-630 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 673-781 aa
XP_057799510.1
790 aa
N
1
395
790
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 43-64 aa PF00560 LRR_1 66-88 aa PF00560 LRR_1 118-140 aa PF00560 LRR_1 192-213 aa PF00560 LRR_1 215-236 aa PF00560 LRR_1 264-285 aa PF00560 LRR_1 311-333 aa PF00560 LRR_1 335-356 aa PF00069 Pkinase 479-778 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 481-630 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 673-781 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799509.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 43 64 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799509.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 66 88 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799509.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 118 140 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799509.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 192 213 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799509.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 215 236 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799509.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 264 285 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799509.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 311 333 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799509.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 335 356 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799509.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 479 778 2.6e-34 119.6 Protein kinase domain
XP_057799509.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 481 630 1.2e-34 120.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057799509.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 673 781 1.2e-34 120.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057799510.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 43 64 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799510.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 66 88 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799510.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 118 140 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799510.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 192 213 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799510.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 215 236 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799510.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 264 285 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799510.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 311 333 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799510.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 335 356 1.5e-30 99.3 Leucine Rich Repeat
XP_057799510.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 479 778 2.6e-34 119.6 Protein kinase domain
XP_057799510.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 481 630 1.2e-34 120.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057799510.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 673 781 1.2e-34 120.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943526.1
ATCATAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTATTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACA...
XM_057943527.1
ATCATAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTATTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131015229
ATGAACAGCTTGAGTGGTTCGATTCCACCTGAGCTCTTTAACATTTCAACTCTTCGGATTCTTTCACTTGTCGGCAATGCTCTGTCAGGGGTTCTTCCAACCCATTTATGCCATGCCTCTCCCTTTCTTGAAGGATTGTATCTTAGTGGAAATTCTATGAGTGGAGCAATACCCAACTCCATCTCTAACTGTTCTCAACTCACAATTCTCTCACTTTCTGAAAACAAATTCAGTGGTTATATACCTACTCATCTCGGCAA...
LOC131015229
ATGAACAGCTTGAGTGGTTCGATTCCACCTGAGCTCTTTAACATTTCAACTCTTCGGATTCTTTCACTTGTCGGCAATGCTCTGTCAGGGGTTCTTCCAACCCATTTATGCCATGCCTCTCCCTTTCTTGAAGGATTGTATCTTAGTGGAAATTCTATGAGTGGAGCAATACCCAACTCCATCTCTAACTGTTCTCAACTCACAATTCTCTCACTTTCTGAAAACAAATTCAGTGGTTATATACCTACTCATCTCGGCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057799509.1
MNSLSGSIPPELFNISTLRILSLVGNALSGVLPTHLCHASPFLEGLYLSGNSMSGAIPNSISNCSQLTILSLSENKFSGYIPTHLGNLRHLQLLQLNSNNLTQAPSSSFITSLTNCKSLTILSIGDNPLNGVIPASVGNLSSSLRIFIANNCKFSGSIPVEIGNLSNLMTLALLGNELSGNIPLTISQMHELQGLDLSHNMLGGSISHAICDLFSLNTLDMSKNQFSGPIPKCLGNVSSLRHLLLDSNILNLSIPSSLWG...
XP_057799510.1
MNSLSGSIPPELFNISTLRILSLVGNALSGVLPTHLCHASPFLEGLYLSGNSMSGAIPNSISNCSQLTILSLSENKFSGYIPTHLGNLRHLQLLQLNSNNLTQAPSSSFITSLTNCKSLTILSIGDNPLNGVIPASVGNLSSSLRIFIANNCKFSGSIPVEIGNLSNLMTLALLGNELSGNIPLTISQMHELQGLDLSHNMLGGSISHAICDLFSLNTLDMSKNQFSGPIPKCLGNVSSLRHLLLDSNILNLSIPSSLWG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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