Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004459`

染色体: Chr03 坐标: 62679200-62679999 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004459`
名称	SmilChr03G004459
描述	receptor-like protein 33
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	62679200 - 62679999 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019141`
GeneID	`131019141`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019141`
原始查询	`SmilChr03G004459`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	receptor-like protein 33
产物	receptor-like protein 33
Arabidopsis	`AT4G20140` (GSO1) Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760] identity=40.5; qcov=0.983; evalue=8.07e-42; confidence=medium
Rice	`Os11g0490200` - identity=37.5; qcov=1.11; evalue=1.82e-41; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019141

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057803809.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803809.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803809.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803809.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803809.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:62679236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr3:62679266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B8,C39,C42
`Chr3:62679310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr3:62679364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,C49
`Chr3:62679529`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B139,B15,B67,B77,B86,C60
`Chr3:62679532`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B36,B86
`Chr3:62679532`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B36,B86
`Chr3:62679545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C21
`Chr3:62679548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C52
`Chr3:62679558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,C4
`Chr3:62679559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B39,C35,C49,C78
`Chr3:62679564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B104,B38,B85,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803809.1

241 aa

120

241

LRR_8

LRR_4

LRR_1

LRR_14

LRR_6

LRR_1

LRR_8

LRR_1

PF13855 LRR_8 4-42 aa PF12799 LRR_4 6-42 aa PF00560 LRR_1 7-29 aa PF23598 LRR_14 24-136 aa PF13516 LRR_6 29-45 aa PF00560 LRR_1 31-53 aa PF00560 LRR_1 55-76 aa PF13855 LRR_8 55-115 aa PF13855 LRR_8 106-163 aa PF00560 LRR_1 108-126 aa PF00560 LRR_1 129-150 aa PF00560 LRR_1 152-173 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	4	42	3.5e-24	85.1	Leucine rich repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF12799`	LRR_4	Repeat	6	42	1.7e-18	66.9	Leucine Rich repeats (2 copies)
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	7	29	9.2e-31	100.0	Leucine Rich Repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	24	136	2.8e-21	76.4	Leucine-rich repeat region
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	29	45	2.9e-08	33.9	Leucine Rich repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	31	53	9.2e-31	100.0	Leucine Rich Repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	55	76	9.2e-31	100.0	Leucine Rich Repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	55	115	3.5e-24	85.1	Leucine rich repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	106	163	3.5e-24	85.1	Leucine rich repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	108	126	9.2e-31	100.0	Leucine Rich Repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	129	150	9.2e-31	100.0	Leucine Rich Repeat
`XP_057803809.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	152	173	9.2e-31	100.0	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947826.1
ATGTTGGGTCAGTTACCAAAATTAGAGCACTTGTCTTTAAGCAACAACAGCTTCATAGGTTCCATCCCAAAATCGCTCTCAAACCTCACAAACCTACAATTTCTTGACTTATCTTTCAATTCTCTAAGTGGAGAAATTCCAAAAGAGTTTGGGAGACTTCAAAGTCTACAAACTCTATCTGTTCGATTCAATCGTCTATCCGGTGCTATACCATCAGCCATATTCAACATCTCGACCCTTGTAGCTATAGGATTGGGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019141
ATGTTGGGTCAGTTACCAAAATTAGAGCACTTGTCTTTAAGCAACAACAGCTTCATAGGTTCCATCCCAAAATCGCTCTCAAACCTCACAAACCTACAATTTCTTGACTTATCTTTCAATTCTCTAAGTGGAGAAATTCCAAAAGAGTTTGGGAGACTTCAAAGTCTACAAACTCTATCTGTTCGATTCAATCGTCTATCCGGTGCTATACCATCAGCCATATTCAACATCTCGACCCTTGTAGCTATAGGATTGGGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803809.1
MLGQLPKLEHLSLSNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSFNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVRFNRLSGAIPSAIFNISTLVAIGLGHNELSGSLPTDMCHNLPFLADIRLSYNQLSGTIPSNLSQCSGLEVLSLSYNSFSGEIPSEIGYLTSLQYLALGGNNLNGILPHEIGHIQSLVTFGAEINQIGGSIDFNIFMNMSSLQTLALWRNKFTGNLSGDVGNITMLTGLDLSENHFTGTTE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器