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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004460`

染色体: Chr03 坐标: 62687438-62689096 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004460`
名称	SmilChr03G004460
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL42-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	62687438 - 62689096 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015275`
GeneID	`131015275`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015275`
原始查询	`SmilChr03G004460`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL42-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase ATL42-like
Arabidopsis	`AT4G28890` (AT4G28890) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829010] identity=38.9; qcov=1.07; evalue=8.02e-83; confidence=medium
Rice	`Os05g0596500` (OsRFPH2-1) - identity=37.6; qcov=0.921; evalue=2.56e-62; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF12861 (zf-ANAPC11); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015275

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057799584.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057799584.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799584.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799584.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799584.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:62687751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B18,C67
`Chr3:62687759`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	18	A20,A21,A24,B10,B103,B110,B12,B13,B34,B70,B75,B8,C17,C27,C55,C69,C7,D7
`Chr3:62687786`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B41,C10,D3
`Chr3:62687787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B55,B91,C31
`Chr3:62687789`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr3:62687795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	14	A15,B121,B134,B25,B26,B28,B46,B55,B82,B91,C14,C31,C87,C9
`Chr3:62687802`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	24	B1,B114,B118,B126,B127,B137,B140,B18,B35,B48,B5,B51,B63,B69,B70,B80,B83,B86,C28,C37,C53,C59,C71,C80
`Chr3:62687839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B14,B41,C48,D3
`Chr3:62687863`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A14
`Chr3:62687863`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A14
`Chr3:62687894`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr3:62687920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B79,C23,C56,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799584.1

390 aa

195

390

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-C3HC4

zf-rbx1

zf-ANAPC11

PF17123 zf-RING_11 117-146 aa PF13923 zf-C3HC4_2 117-159 aa PF13639 zf-RING_2 117-160 aa PF00097 zf-C3HC4 118-159 aa PF12678 zf-rbx1 130-160 aa PF12861 zf-ANAPC11 133-163 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799584.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	117	146	6.2e-09	36.1	RING-like zinc finger
`XP_057799584.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	117	159	1.5e-09	38.2	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057799584.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	117	160	1.6e-13	51.4	Ring finger domain
`XP_057799584.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	118	159	4.3e-08	33.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057799584.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	130	160	3.6e-09	37.4	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057799584.1`	Pfam	`PF12861`	zf-ANAPC11	Domain	133	163	3e-06	27.9	Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943601.1
CTTATTTCAACAAGATTATGCATCAGCAAATATTCAAAGATGCTTTCTTGAAATTAAATAAAACTTAGGTGGACAGAAAGATCCAAAGAGTAATCCAAAGCATCATCATCCATAGCTAAATTTGACTCAAACATAGATCTCTTCATCTCATGATCAAGAAACAATACAAATAGTGAAGCAAAGTATGGATAAATTTCCATCTAAAATGGATCATCTGAGACAGCTGATTGCTCTTCTGCCCTTGCTGGTGTGTGCAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015275
ATGGATAAATTTCCATCTAAAATGGATCATCTGAGACAGCTGATTGCTCTTCTGCCCTTGCTGGTGTGTGCAGAAGCTCGAAACACGAGCAACGAGCACGACGTGAATCCACTTAAACCGAGCATGGCGGTGGTGCTAGTAGTCCTATCCATCATGTTCAGCCTCACTTTCCTCATCCTCGCCTACGCCAAGTTCTGCCACGGGACGGGATCCGGGCCCTCGGATCTCCTCCAGAACCCTAACGGTTCCGTTGGAACGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799584.1
MDKFPSKMDHLRQLIALLPLLVCAEARNTSNEHDVNPLKPSMAVVLVVLSIMFSLTFLILAYAKFCHGTGSGPSDLLQNPNGSVGTRARFSGVDKTTIESLPFFRFSSLRGSKEGLECAVCLSRFEDTELLRLLPKCRHAFHISCIDTWLENHSSCPLCRHKLDAGDIKSSRHSSSSWEEPSLEFFIQREQSQSQGRSSRFNLANTLHKLTRGRRPDAPLAQEFKNHSNGTRILHHVKHRIIVSDVIHNSRWSDVNSSDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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