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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004461`

染色体: Chr03 坐标: 62689413-62693605 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004461`
名称	SmilChr03G004461
描述	carotenoid 9,10(9',10')-cleavage dioxygenase-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	62689413 - 62693605 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015248`
GeneID	`131015248`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015248`
原始查询	`SmilChr03G004461`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	carotenoid 9,10(9',10')-cleavage dioxygenase-like
产物	carotenoid 9%2C10(9'%2C10')-cleavage dioxygenase-like
Arabidopsis	`AT3G63520` (CCD1) carotenoid cleavage dioxygenase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825527] identity=30.4; qcov=0.978; evalue=1.19e-61; confidence=low
Rice	`Os09g0321200` - identity=55.1; qcov=0.888; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0010436 (carotenoid dioxygenase activity); GO:0016121 (carotene catabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF03055 (RPE65)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015248

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799536.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057799536.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799536.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799536.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799536.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:62689655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B129,B65,C84
`Chr3:62689690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,C56
`Chr3:62689699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr3:62689833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr3:62689837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr3:62689890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr3:62689920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B76,B98,C13,D1
`Chr3:62689921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B16,B84,C14,C45
`Chr3:62689928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C37
`Chr3:62689929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:62689931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B76,B98,D1
`Chr3:62689932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B65,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799536.1

579 aa

290

579

RPE65

PF03055 RPE65 74-577 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799536.1`	Pfam	`PF03055`	RPE65	Repeat	74	577	5.9e-113	379.1	Retinal pigment epithelial membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943553.1
AGTATTTAGATGTAGAAAGATGTTCTTGAAAAGACAAAAACATAAAACTCATTCAAACAAACTATTGATTACTCTCATCACTCTTTGTCCCAAAATCCACACCTCATTCTTTATATACACATACAAAACACACACATATATACAAATCTCTTAGTGTATGTATAGACTATAGAGCCTTAGAATATATGCAAGGAACAGAAATATGGGCAGTTTTGGATTGCATTGCTCCTCAGTAAAGCCTTCTTCATATCCCCCCAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015248
ATGGGCAGTTTTGGATTGCATTGCTCCTCAGTAAAGCCTTCTTCATATCCCCCCAAAATCAACCATCATTCTCACTCTTCTCTCTCATTTTCCTCCTTCACTTTAAAGCCGCCATTTTCGAAGAGGATCAAGGAGGCCTCATTGAGATTGTTGGATGCATTTGTAGATTCTGCATTCGAGTTTCTTGATCAGCCCTTATTCCCATCTCAGAGCAATTTTTCTCCGGTGGAAGAGATCGGAGAAGCAGTAGACGTGACGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799536.1
MGSFGLHCSSVKPSSYPPKINHHSHSSLSFSSFTLKPPFSKRIKEASLRLLDAFVDSAFEFLDQPLFPSQSNFSPVEEIGEAVDVTESVIGKIPDDFPAGVYIRNGPNPLFGGLKSTNSIFGKSSHTWIEGEGMLHALYFSKHGDGRWEVSYRNRHVETDTFKLEKARKKPAFLPAIEGDSLAVLSAYLLNYLRFGFVNKYLSNTSVFEHSGKLYSAAENHIPQEMDVFTLETRRNWDVNGSWNRPFTSHPKRDPDTGEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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