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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004463

染色体: Chr03 坐标: 62700629-62704213 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004463
名称SmilChr03G004463
描述probable glycosyltransferase At5g25310
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62700629 - 62704213 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015245
GeneID131015245
locus_tag-
NCBI NameLOC131015245
原始查询SmilChr03G004463

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable glycosyltransferase At5g25310
产物probable glycosyltransferase At5g25310
ArabidopsisAT4G32790 (AT4G32790)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829415]
identity=48.5; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0107700
-
identity=52.9; qcov=0.641; evalue=6.08e-150; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015245

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057799534.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799534.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799534.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799534.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799534.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62702265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr3:62702279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:62702309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr3:62702346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B19,B85,C47,C5
Chr3:62702376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,C70
Chr3:62702419 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B120
Chr3:62702419 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B120
Chr3:62702425 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 68 A1,A11,A14,A15,A22,A23,B100,B105,B106,B108,B109,B113,B127,B128,B133,B135,B137,B139,B14,B22,B27,B29,B30,B35,B39,B45,B54,B55,B6,B67,B72,B74,B77,B79,B80,B85,B89,B90,B94,B98,C10,C12,C13,C15,C19,C22,C25,C26,C31,C32,C4,C41,C42,C43,C49,C51,C67,C68,C69,C7,C70,C83,C84,C87,D11,D2,D6,D9
Chr3:62702432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B28,B66,C51
Chr3:62702434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B50,C7,C85
Chr3:62702448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr3:62702503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B60,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799534.1
593 aa
N
1
296
593
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 263-545 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799534.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 263 545 4.9e-65 220.5 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943551.1
AATAAATAATTCCAGCAAAAGAATGAAACTTTGCAACATGCTGATGCAGAATTTACCTCGATGTTTTAATTATTAATTCCCTCTAACTAACAGAAGTAAAAAAATCTTGATATTATTCTTGAATTGATTGATGAAGCAAAACAGGAATTTGGCTCGTTGGCAAAGAAAAGGGCGCATCTGGAAAAAAGTTGGGATTTATTTATTTATTTTTGTAAACTGTTTTAATTCCACTTTTCTGCATTTATAAAAAGGCAAGAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015245
ATGGAAACTCGGAGGCTGCTGTGGTATATGGCTTTGGCCTTTTCACTAGTTTTGATGGTTCAGTATATTAAGCTCCCATATGGCTATGTTATGTCATCTTTACTATCTATTGGCAAATCTGGAGTAGCATCAGCAGGCAGTTTCTCGATTAATGAGACGGGGAGTTCAGCCAACCCGGTTTTTTCTGGTGGCCCGTCTCAGAATGTGACAAACTTGTTGGGTGAAAGGAAGCCAGAGACGAGCAATGATCATGTAGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799534.1
METRRLLWYMALAFSLVLMVQYIKLPYGYVMSSLLSIGKSGVASAGSFSINETGSSANPVFSGGPSQNVTNLLGERKPETSNDHVVERSSNDFLEMNLSNKSLAAEPGGEQLVHELPESSYTTVKNSTADSLQGTDAVPSSIIDEERASPSHAMSPARERPSLRHGQLSTEVNSSAIRRAPRSARLKGSPAVVVPISEMNDLLRQSRVSYHLMNARWPSQADEELLNAKRLIESADSVKKNPRVDVSIYRNFSAFTRSYE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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