Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004464`

染色体: Chr03 坐标: 62714551-62734167 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004464`
名称	SmilChr03G004464
描述	pectin acetylesterase 11-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	62714551 - 62734167 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015316`
GeneID	`131015316`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015316`
原始查询	`SmilChr03G004464`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pectin acetylesterase 11-like
产物	pectin acetylesterase 11-like
Arabidopsis	`AT5G45280` (AT5G45280) Pectinacetylesterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834564] identity=44.2; qcov=0.847; evalue=1.19e-80; confidence=medium
Rice	`Os04g0602500` (OSJNBa0041A02.14) - identity=41.9; qcov=0.925; evalue=3.86e-77; confidence=medium
GO	GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0052793 (pectin acetylesterase activity); GO:0071555 (cell wall organization)
KEGG	-
Pfam	PF03283 (PAE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015316

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057799654.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799654.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799654.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799654.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799654.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:62714626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B40
`Chr3:62714644`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A13,C10,C63
`Chr3:62714644`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A13,C10,C63
`Chr3:62731811`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,B30,B73,C20,C52
`Chr3:62731822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr3:62731824`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr3:62732005`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C83
`Chr3:62732005`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C83
`Chr3:62732055`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A15,B40,C16,C21
`Chr3:62732055`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A15,B40,C16,C21
`Chr3:62732058`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B100,B14,B46
`Chr3:62732058`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B100,B14,B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799654.1

399 aa

200

399

PAE

PF03283 PAE 25-389 aa

XP_057799655.1

307 aa

154

307

PAE

PF03283 PAE 25-291 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799654.1`	Pfam	`PF03283`	PAE	Family	25	389	1.5e-111	373.8	Pectinacetylesterase
`XP_057799655.1`	Pfam	`PF03283`	PAE	Family	25	291	9.3e-89	298.8	Pectinacetylesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943672.1
ATCCCTTCACAATTCCTCACACCTCAAACAACTCTCTCTCTCGATCTCTCCCAATTCCTCACACCTCAAACACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTATTGTGATGGCGACGATATGGATAATTGCGTGCGTTGCGATTTTGGTGATGGCCGGAGGCGCCGAGAGCAGCCAGCCGGAATGCGATAAGGTCCCCTTCACTCCACTGCCCAATGCTGTTGAAAAAGGAACAGTTTGCATCGACGGCTCACCGGAGGGCTAC...

XM_057943671.1
ATCCCTTCACAATTCCTCACACCTCAAACAACTCTCTCTCTCGATCTCTCCCAATTCCTCACACCTCAAACACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTATTGTGATGGCGACGATATGGATAATTGCGTGCGTTGCGATTTTGGTGATGGCCGGAGGCGCCGAGAGCAGCCAGCCGGAATGCGATAAGGTCCCCTTCACTCCACTGCCCAATGCTGTTGAAAAAGGAACAGTTTGCATCGACGGCTCACCGGAGGGCTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131015316
ATGGCGACGATATGGATAATTGCGTGCGTTGCGATTTTGGTGATGGCCGGAGGCGCCGAGAGCAGCCAGCCGGAATGCGATAAGGTCCCCTTCACTCCACTGCCCAATGCTGTTGAAAAAGGAACAGTTTGCATCGACGGCTCACCGGAGGGCTACTATCTGGTGCCGGGCTCAGGCGACGGAGCCAAAAATTGGCTCATCTATATCAATGGAGGCGGGTGGTGTGAAACCATTACTGCCTGTCGTGATAGATTTGACGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057799654.1
MATIWIIACVAILVMAGGAESSQPECDKVPFTPLPNAVEKGTVCIDGSPEGYYLVPGSGDGAKNWLIYINGGGWCETITACRDRFDEYNGNSRISFSKIPNSNGTLSKAKDFTGILSQNEAINPDFYNWNRIYVTYCDQASFLGDTVVDDGQGPIVQFRGSRNFDALVEELLAKGIGAGENVILSGRSAGALATILHCDGFRARLPNVGRVKCLSDAGFFIRAENVPNADYRDQFFASVIQLHNISSLLPATCTQIRDPS...

XP_057799655.1
MATIWIIACVAILVMAGGAESSQPECDKVPFTPLPNAVEKGTVCIDGSPEGYYLVPGSGDGAKNWLIYINGGGWCETITACRDRFDEYNGNSRISFSKIPNSNGTLSKAKDFTGILSQNEAINPDFYNWNRIYVTYCDQASFLGDTVVDDGQGPIVQFRGSRNFDALVEELLAKGIGAGENVILSGRSAGALATILHCDGFRARLPNVGRVKCLSDAGFFIRAENVPNADYRDQFFASVIQLHNISSLLPATCTQIRDPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器