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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004488

染色体: Chr03 坐标: 62998249-63002310 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004488
名称SmilChr03G004488
描述putative receptor-like protein kinase At3g47110
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62998249 - 63002310 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015325
GeneID131015325
locus_tag-
NCBI NameLOC131015325
原始查询SmilChr03G004488

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative receptor-like protein kinase At3g47110
产物putative receptor-like protein kinase At3g47110
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34.3; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015325

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799664.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799664.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799664.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799664.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799664.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62998597 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B19,B31,B97,C43,C66,C86
Chr3:62998611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B41
Chr3:62998612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B125,C32,C38
Chr3:62998643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B38,B51,B80,C49
Chr3:62998645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B16,C32
Chr3:62998648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B85
Chr3:62998672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A21,A4,B19,B5
Chr3:62998677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:62998717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:62998736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C53,C80
Chr3:62998738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,B93,D4
Chr3:62998755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799664.1
1156 aa
N
1
578
1156
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 35-70 aa PF13855 LRR_8 146-206 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF23598 LRR_14 164-274 aa PF00560 LRR_1 171-193 aa PF00560 LRR_1 195-216 aa PF00560 LRR_1 245-266 aa PF00560 LRR_1 268-290 aa PF00560 LRR_1 292-314 aa PF00560 LRR_1 366-387 aa PF13855 LRR_8 366-424 aa PF00560 LRR_1 539-561 aa PF00560 LRR_1 588-609 aa PF00560 LRR_1 635-657 aa PF00560 LRR_1 660-681 aa PF00560 LRR_1 707-729 aa PF00560 LRR_1 731-752 aa PF00069 Pkinase 875-1144 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 878-1147 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799664.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 35 70 5.4e-06 27.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057799664.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 146 206 4.9e-49 164.6 Leucine rich repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 169 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 164 274 6.7e-50 170.5 Leucine-rich repeat region
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 171 193 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 216 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 245 266 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 268 290 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 292 314 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 366 387 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 366 424 4.9e-49 164.6 Leucine rich repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 539 561 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 588 609 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 635 657 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 660 681 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 707 729 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 731 752 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799664.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 875 1144 1e-39 137.3 Protein kinase domain
XP_057799664.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 878 1147 1.2e-39 136.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943681.1
GTCATAATACAATCACAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGCTTCATTACATTTTGCTGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015325
ATGGAGAAAAAGCTTCATTACATTTTGCTGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799664.1
MEKKLHYILLYAFLITITFPMLSSEAKAKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCSWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLTNNLFYGDLPQELSLLRRLKFISFRFNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFMGSIPKSLSNLTNLQYLSLSSNSLSGEIPKELGRLQSLQTLYVQFNHLSGAIPSAIFNISTLVVIALTGNQLSGSLPTDMCCNLSFLTVLSLSKNQLSGAIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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