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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004493

染色体: Chr03 坐标: 63045233-63048540 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004493
名称SmilChr03G004493
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63045233 - 63048540 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019156
GeneID131019156
locus_tag-
NCBI NameLOC131019156
原始查询SmilChr03G004493

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=32.9; qcov=1.07; evalue=1.64e-162; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39.2; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803825.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803825.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803825.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803825.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803825.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63045365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B55,B64,C83
Chr3:63045388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B27,B90,B92
Chr3:63045417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr3:63045546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr3:63045578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B20,C23,C42,C62
Chr3:63045579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:63045591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:63045608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B26,C69
Chr3:63045646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:63045676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:63045709 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C38
Chr3:63045709 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803825.1
1018 aa
N
1
509
1018
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF13855 LRR_8 149-209 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF23598 LRR_14 167-279 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF00560 LRR_1 198-219 aa PF13855 LRR_8 222-281 aa PF00560 LRR_1 248-269 aa PF00560 LRR_1 271-293 aa PF00560 LRR_1 295-317 aa PF00560 LRR_1 369-390 aa PF13855 LRR_8 369-427 aa PF00560 LRR_1 392-413 aa PF00560 LRR_1 518-539 aa PF00560 LRR_1 542-564 aa PF23598 LRR_14 556-667 aa PF13855 LRR_8 565-625 aa PF00560 LRR_1 591-612 aa PF00560 LRR_1 614-635 aa PF00560 LRR_1 710-732 aa PF00560 LRR_1 734-755 aa PF00069 Pkinase 878-1011 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 880-1014 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803825.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 3.1e-09 37.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803825.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 149 209 2.2e-51 172.2 Leucine rich repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 167 279 3e-52 178.2 Leucine-rich repeat region
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 219 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 222 281 2.2e-51 172.2 Leucine rich repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 248 269 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 293 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 295 317 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 369 390 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 369 427 2.2e-51 172.2 Leucine rich repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 392 413 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 518 539 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 542 564 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 556 667 3e-52 178.2 Leucine-rich repeat region
XP_057803825.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 565 625 2.2e-51 172.2 Leucine rich repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 591 612 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 614 635 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 710 732 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 734 755 7.2e-64 198.5 Leucine Rich Repeat
XP_057803825.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 878 1011 8.3e-22 78.5 Protein kinase domain
XP_057803825.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 880 1014 7.8e-21 75.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947842.1
ATGGACAAAAAGCTTTCTTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTCTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCATCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019156
ATGGACAAAAAGCTTTCTTGCATTTTGCTGTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTCTTACTTGCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCATCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803825.1
MDKKLSCILLYAFLITITFPMLSSEAKQPLSLATDQTALLSLKQHITSDPSLLLATNWTNSSSVCSWIGITCSLRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFYGDFPHQLSLLRRLKFISFRLNHFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQYLDLTYNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVRYNHLSGAIPSAIFNISTLVSIALRNNELSGSLPTDMCRNLPYLTAIYLSYNQLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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