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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004494

染色体: Chr03 坐标: 63053403-63057802 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004494
名称SmilChr03G004494
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63053403 - 63057802 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019157
GeneID131019157
locus_tag-
NCBI NameLOC131019157
原始查询SmilChr03G004494

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34.2; qcov=1.04; evalue=3.92e-169; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=37.9; qcov=0.988; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019157

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803826.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803826.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803826.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803826.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63054474 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 7 A14,B113,B18,B73,B80,C63,C67
Chr3:63054486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr3:63054490 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A5,B53
Chr3:63054490 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 A5,B53
Chr3:63054492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C17,C30,C5,C76
Chr3:63054493 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 A5,B53
Chr3:63054493 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 A5,B53
Chr3:63054514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr3:63054517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:63054543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C30
Chr3:63054556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B24,C63,C79
Chr3:63054560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C31,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803826.1
1055 aa
N
1
528
1055
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 35-70 aa PF13855 LRR_8 146-206 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF00560 LRR_1 171-193 aa PF23598 LRR_14 260-432 aa PF00560 LRR_1 268-290 aa PF00560 LRR_1 292-314 aa PF00560 LRR_1 366-387 aa PF13855 LRR_8 366-424 aa PF00560 LRR_1 439-460 aa PF13855 LRR_8 439-497 aa PF00560 LRR_1 462-484 aa PF00560 LRR_1 514-536 aa PF13855 LRR_8 562-622 aa PF00560 LRR_1 588-609 aa PF00560 LRR_1 612-632 aa PF00560 LRR_1 660-681 aa PF00560 LRR_1 707-729 aa PF00560 LRR_1 731-752 aa PF00069 Pkinase 875-1042 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 878-1042 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803826.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 35 70 4.4e-06 27.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057803826.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 146 206 1.9e-56 188.4 Leucine rich repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 169 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 171 193 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 260 432 6.3e-47 160.8 Leucine-rich repeat region
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 268 290 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 292 314 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 366 387 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 366 424 1.9e-56 188.4 Leucine rich repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 439 460 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 439 497 1.9e-56 188.4 Leucine rich repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 462 484 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 514 536 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 562 622 1.9e-56 188.4 Leucine rich repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 588 609 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 612 632 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 660 681 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 707 729 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 731 752 1.8e-63 197.4 Leucine Rich Repeat
XP_057803826.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 875 1042 3.7e-31 109.2 Protein kinase domain
XP_057803826.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 878 1042 1.8e-28 100.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947843.1
ATGGAGAAAAAGCTTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCATATGCTTTCTTCAGAAGCCAATGCCGAACAACATTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTATTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019157
ATGGAGAAAAAGCTTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCATATGCTTTCTTCAGAAGCCAATGCCGAACAACATTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTATTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803826.1
MEKKLSCILQYAFLITITFHMLSSEANAEQHLSLATDQTALLSLKHTSLLFATNWTNSTSVCSWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSATIPPQLGRLSFLVSLDLTNNLFYGHLPHQLSLLRRLKFISFRLNSFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTYNSLSGEIPKEFGRLQSLQVLSVQFNRLYGAIPSAIFNMSTLVTISLTGNELSGSLPTDMCSNLPLLAGIYVSSNQLSGAIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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