Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004506`

染色体: Chr03 坐标: 63156382-63156853 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004506`
名称	SmilChr03G004506
描述	putative receptor-like protein kinase At3g47110
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	63156382 - 63156853 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019166`
GeneID	`131019166`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019166`
原始查询	`SmilChr03G004506`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative receptor-like protein kinase At3g47110
产物	putative receptor-like protein kinase At3g47110
Arabidopsis	`AT3G47110` (AT3G47110) Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823864] identity=32.6; qcov=1.01; evalue=5.01e-22; confidence=low
Rice	`Os01g0152800` (OsRLCK25) - identity=44.7; qcov=0.803; evalue=2.37e-21; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019166

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057803835.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057803835.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803835.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803835.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803835.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:63156455`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C63
`Chr3:63156467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B29,B34,B86,C36
`Chr3:63156492`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B2
`Chr3:63156494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,B139
`Chr3:63156515`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A10,B18,B6,C13
`Chr3:63156515`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A10,B18,B6,C13
`Chr3:63156523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr3:63156539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr3:63156551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B105,B129
`Chr3:63156559`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr3:63156560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,D3
`Chr3:63156578`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B27,B42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803835.1

142 aa

142

LRRNT_2

LRR_1

PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF00560 LRR_1 98-117 aa PF00560 LRR_1 121-141 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803835.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	33	68	1.1e-06	29.5	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057803835.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	98	117	6.7e-06	25.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057803835.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	121	141	6.7e-06	25.9	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947852.1
ATGGAGAAAAAGCTTCATTGCATATTTGCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTAAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019166
ATGGAGAAAAAGCTTCATTGCATATTTGCTTATGCATTCCTAATCACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTCTAAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGTCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTCCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803835.1
MEKKLHCIFAYAFLITITFQMLSSEAKQPLSLATDQTALLSLKHTSLLLATNWTNSTSVCTWIGVTCSFRHHRVAALNLSNMALSATIPPQFGRLSFLVSLDLSNNLFYGDLPHQLSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMLAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器