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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004511

染色体: Chr03 坐标: 63186729-63187639 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004511
名称SmilChr03G004511
描述putative L-type lectin-domain containing receptor kinase V.2
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63186729 - 63187639 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015468
GeneID131015468
locus_tag-
NCBI NameLOC131015468
原始查询SmilChr03G004511

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative L-type lectin-domain containing receptor kinase V.2
产物putative L-type lectin-domain containing receptor kinase V.2
ArabidopsisAT5G39390 (AT5G39390)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833935]
identity=33.6; qcov=1.46; evalue=2.99e-25; confidence=low
RiceOs04g0213800 (OsRLCK137)
-
identity=40.1; qcov=1.03; evalue=5.32e-27; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015468

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057799874.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057799874.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799874.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799874.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799874.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63186883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C22,C41
Chr3:63186938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,C40,C42
Chr3:63186949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr3:63186962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C30
Chr3:63187002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr3:63187008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B110,B38,C2,D10
Chr3:63187363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr3:63187415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C63
Chr3:63187424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr3:63187442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C80
Chr3:63187472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:63187496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799874.1
143 aa
N
1
72
143
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1-79 aa PF00069 Pkinase 1-97 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799874.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1 79 6.8e-16 59.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057799874.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1 97 1.2e-16 61.6 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943891.1
TATATGCCAAAGGGAAACCTTGAAAAATGGTTATATTCCCACAACTATTGCTTGAATATGATAGAAAGATTGAATATAATGATTGATGTTGCATCTGCTTTGGAGTATCTTCACCACGGTTATTCAATGCCCATTGTCCACAGCGACTTGAAGCCTAGTAATGTGCTGTTAGACGAAGACATGGTTGCCCATGTAAGCGACTTTGGGATAGCAAAGTCGTTATGCGATGGAGATAGCTTGGTGTTAACCAACACGCTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015468
ATGCCAAAGGGAAACCTTGAAAAATGGTTATATTCCCACAACTATTGCTTGAATATGATAGAAAGATTGAATATAATGATTGATGTTGCATCTGCTTTGGAGTATCTTCACCACGGTTATTCAATGCCCATTGTCCACAGCGACTTGAAGCCTAGTAATGTGCTGTTAGACGAAGACATGGTTGCCCATGTAAGCGACTTTGGGATAGCAAAGTCGTTATGCGATGGAGATAGCTTGGTGTTAACCAACACGCTAGCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799874.1
MPKGNLEKWLYSHNYCLNMIERLNIMIDVASALEYLHHGYSMPIVHSDLKPSNVLLDEDMVAHVSDFGIAKSLCDGDSLVLTNTLATFGYIAPGKEEMIDKNMQCVSSILELALKCSADSLGDRINMKQAHAELRKIKHRFFQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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