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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004533

染色体: Chr03 坐标: 63366475-63367373 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004533
名称SmilChr03G004533
描述uncharacterized SmilChr03G004533
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63366475 - 63367373 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015451
GeneID131015451
locus_tag-
NCBI NameLOC131015451
原始查询SmilChr03G004533

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832653]; symbol=AT5G25840; hit=AT5G25840; species=arabidopsis; confidence=high
产物DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832653]; symbol=AT5G25840; hit=AT5G25840; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G25840 (AT5G25840)
DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832653]
identity=50.6; qcov=0.892; evalue=1.94e-53; confidence=high
RiceOs02g0229900
-
identity=55.1; qcov=0.549; evalue=3.53e-31; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07911 (DUF1677)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015451

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799848.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057799848.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057799848.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799848.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799848.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63366587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:63366737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B68
Chr3:63366740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B139,B90,B92
Chr3:63366785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B61,C28,C29,D2
Chr3:63366806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B45,B56,B96,D10
Chr3:63366818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:63366830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr3:63366881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr3:63366882 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A6,B7
Chr3:63366882 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 A6,B7
Chr3:63366896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B27,B94,C12,C48,C82
Chr3:63366918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799848.1
195 aa
N
1
98
195
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 68-156 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799848.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 68 156 7.4e-31 107.2 Protein of unknown function (DUF1677)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943865.1
TCCACATTAATTAACACAATCTTTATTTTTGTGTTTGAATTTCCACTATATGCTTTCTACTATTCTTCATGCTTCTTCACACCAATTTCAACCTAACCAACACCTTTTCAATACTTGACACAAATTCAACTCACTTCAACTCTCTATATAAACAATTCAAGCTTAACAAGCCCTACACACCCTTCCAACCTCTTGTAATACCAAAATGGCACCCAATAGAGACACCACCTTTCTCCAGGGTGGCTTCACGAAGAGCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015451
ATGGCACCCAATAGAGACACCACCTTTCTCCAGGGTGGCTTCACGAAGAGCAACAACAACAACGTCAGCCAGAAGCCCCCGAAGCTGTCGATGGAAACCCTTCAACGCACGATCTCCGACATCTCGTTCGAGCTCCTGAGCCAGGAAACCCTAGCCGGCTCGGAGAAGCCCACCCTCGCCACCCTGCCCCCGATCTCCGAGGTCGAGGACGCGAAGTGCGAGTGCTGCGGGATGTCGGAGGAGTGCACCCCGCAATACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799848.1
MAPNRDTTFLQGGFTKSNNNNVSQKPPKLSMETLQRTISDISFELLSQETLAGSEKPTLATLPPISEVEDAKCECCGMSEECTPQYVKKVRGTYGQMICGLCSEAVKEEMEKNGGKREEALHAHVGACARFNRLGRAYPVLLQAEAMRDILRKNRAKSLSPRDKGGTNQTVRGGISRSSSCIPAITKEINEHKKT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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