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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004547

染色体: Chr03 坐标: 63451207-63453469 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004547
名称SmilChr03G004547
描述signal recognition particle 19 kDa protein
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63451207 - 63453469 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015469
GeneID131015469
locus_tag-
NCBI NameLOC131015469
原始查询SmilChr03G004547

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述signal recognition particle 19 kDa protein
产物signal recognition particle 19 kDa protein
ArabidopsisAT1G48160 (AT1G48160)
signal recognition particle 19 kDa protein, putative / SRP19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841235]
identity=67.6; qcov=0.822; evalue=1.11e-54; confidence=high
RiceOs06g0342100 (SRP19)
-
identity=66.4; qcov=0.881; evalue=4.51e-57; confidence=high
GOGO:0005786 (signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting); GO:0006614 (SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane); GO:0006617 (SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition); GO:0008312 (7S RNA binding)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01922 (SRP19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799875.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057799875.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057799875.1
4 Nucleolus 核仁 0.60000 XP_057799875.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057799875.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63451960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr3:63451967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B28
Chr3:63453135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B86,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799875.1
135 aa
N
1
68
135
SRP19
C
PF01922 SRP19 14-107 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799875.1 Pfam PF01922 SRP19 Family 14 107 6.8e-33 114.1 SRP19 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943892.1
TGAAGCTATTAAGAAAAGGATTTCAATCTGATCCAAATTTTAGGCCCAACATCGCAAACGACTACCACTTCTCTCTCTACGAACTTCTCACTCCACCACCGGCGTTCCTCTCCAGATTTCTCAAAAACCCACGAAGCGCCGCCGCCTGAGGACTAAATCATGGATGTCGATATGCAGAATATCAAAAAATGGGTGATCTTTTACCCAATTTATATAAATTCGAAGAAAACCCTAGCCGAGGGACGGAGAATCAATGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015469
ATGGATGTCGATATGCAGAATATCAAAAAATGGGTGATCTTTTACCCAATTTATATAAATTCGAAGAAAACCCTAGCCGAGGGACGGAGAATCAATGCAAGCAAAGCATGTGAAAACCCTACGTGCACGGAGGTTTACGATTGCATTGCTCACCTGAAAATCCCTTGTGTGATTGAGAGTGAGAAGGCATACCCTCGGGATTTTATGCAAAGAGGTAGAGTGAGAGTGATGTTGAAAAAGGAAGATGGGAGCTTCTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799875.1
MDVDMQNIKKWVIFYPIYINSKKTLAEGRRINASKACENPTCTEVYDCIAHLKIPCVIESEKAYPRDFMQRGRVRVMLKKEDGSFYNPAISSRKQLMLHVAELVPRHPGRTKKQEAATSAAAGSSKSGKGGKKKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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