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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004549

染色体: Chr03 坐标: 63465734-63468977 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004549
名称SmilChr03G004549
描述amino acid permease 8-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63465734 - 63468977 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015375
GeneID131015375
locus_tag-
NCBI NameLOC131015375
原始查询SmilChr03G004549

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述amino acid permease 8-like
产物amino acid permease 8-like
ArabidopsisAT1G10010 (AAP8)
amino acid permease 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837536]
identity=58; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0556000 (OsAAP12A)
-
identity=59.3; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01490 (Aa_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015375

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799738.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057799738.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057799738.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799738.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799738.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63465986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr3:63466991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr3:63467029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr3:63467316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B38,B39
Chr3:63467472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:63467499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B98
Chr3:63467554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,D11
Chr3:63467634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B138,B37,C22
Chr3:63467827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B98
Chr3:63467832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr3:63467848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,D5
Chr3:63468145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B14,B5,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799738.1
481 aa
N
1
240
481
Aa_trans
C
PF01490 Aa_trans 37-466 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799738.1 Pfam PF01490 Aa_trans Domain 37 466 8.7e-108 361.3 Transmembrane amino acid transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943755.1
TGGGATTATGGAATAGTATCATATATTTGGTGCATGCAGGGCTATAAAATCTGAGTTTAAGTCCAAAATTATAGAATAGGCTAACATGCATGTTTTTGTGATCATGTTTCAAAATTTCTTGCAAAAGCATAATTAAAAAAAAGTTAGTTATTTTAGTGAAGGTTGAGAAAGTACAAGTCAATAATGCAGGGATTTGGAGATCAGATTTTTCAAGTTGAGAGCTCAGAATCTGGTTTGGAAATTCAGAAAGTTGGAAATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015375
ATGCAGGGATTTGGAGATCAGATTTTTCAAGTTGAGAGCTCAGAATCTGGTTTGGAAATTCAGAAAGTTGGAAATGAAGAGTTTGATGATGATGGGAAGCCTAAGAGAACAGGTAACGTTTGGACTGCAAGTGCACATATTATTACAGCAATCATAGGTTCTGGAGTTCTCTCACTAGCATGGGGAGTTGCACAGCTTGGATGGATTGCCGGTGTTGCGACTCTTGTTATTTTCTCCGGCATCACATTATACACTTCTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799738.1
MQGFGDQIFQVESSESGLEIQKVGNEEFDDDGKPKRTGNVWTASAHIITAIIGSGVLSLAWGVAQLGWIAGVATLVIFSGITLYTSSLLADCYRSPVTGKRNYTYKEVVKNNLGRGMYIFCGTVQYVNLTGMVIGYTITASISMAAIQKSDCFHSRGHEVLCSVSHNPYMIGMGVLEIFLSQIPNFHRLSLLSLVAAVMSFAYSSIGVGLAFARVVSGHGGRTSLTGIEIGAGLTAAEKLWRMFRAFGDIAFAYTYSQIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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