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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004553`

染色体: Chr03 坐标: 63489096-63492937 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004553`
名称	SmilChr03G004553
描述	RNA polymerase sigma factor sigC-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	63489096 - 63492937 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015359`
GeneID	`131015359`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015359`
原始查询	`SmilChr03G004553`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase sigma factor sigC-like
产物	RNA polymerase sigma factor sigC-like
Arabidopsis	`AT3G53920` (SIGC) RNApolymerase sigma-subunit C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824559] identity=47.1; qcov=0.904; evalue=4.29e-137; confidence=high
Rice	`Os05g0589200` (OsSIG3) - identity=39.5; qcov=0.61; evalue=1.64e-69; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006352 (DNA-templated transcription initiation); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF04539 (Sigma70_r3); PF04542 (Sigma70_r2); PF04545 (Sigma70_r4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015359

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799717.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799717.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799717.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799717.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799717.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:63490363`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,B6
`Chr3:63490460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr3:63490995`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B126,C32,C68
`Chr3:63491060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr3:63491112`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	74	A1,A10,A16,A23,A4,A5,A6,A8,B100,B102,B113,B123,B13,B131,B132,B133,B134,B135,B18,B19,B2,B22,B23,B26,B29,B3,B32,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B54,B55,B64,B73,B75,B78,B83,B86,B87,B9,B90,B92,B95,B97,C10,C17,C2,C22,C23,C27,C30,C37,C38,C43,C50,C51,C53,C63,C64,C65,C66,C74,C78,C79,C80,C85,C87,C9,D1,D2,D6
`Chr3:63491114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B115,B126,C32,C68
`Chr3:63491158`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	20	A11,B105,B138,B2,B21,B22,B24,B76,B83,B88,B93,C17,C22,C25,C4,C7,C74,C77,C80,D9
`Chr3:63491160`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	17	A11,B105,B138,B2,B22,B24,B76,B83,B88,B93,C17,C22,C25,C74,C77,C80,D9
`Chr3:63491377`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr3:63491385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B80
`Chr3:63491449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,C40,D11
`Chr3:63491474`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,C40,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799717.1

561 aa

280

561

Sigma70_r2

Sigma70_r3

Sigma70_r4

PF04542 Sigma70_r2 326-394 aa PF04539 Sigma70_r3 405-480 aa PF04545 Sigma70_r4 493-546 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799717.1`	Pfam	`PF04542`	Sigma70_r2	Domain	326	394	5.9e-14	52.3	Sigma-70 region 2
`XP_057799717.1`	Pfam	`PF04539`	Sigma70_r3	Family	405	480	3.4e-08	34.2	Sigma-70 region 3
`XP_057799717.1`	Pfam	`PF04545`	Sigma70_r4	Domain	493	546	4.4e-15	55.6	Sigma-70, region 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943734.1
GGAACACACAAACAAAGAAGTAAACGTGTGAAAGGGAATTGACCCCATGCTTGAGATGGGGAACCAGTGGTTGAGACATCTCTGATCTCTCTGCTTCCTCATCGATTTTTTTTTTTTTTTTTATCAATAAATAAATATTTGATGCTTACTCTATTTTCCCTCTGTTTCTTGCTTGCAAGAAACGATTTTTATTGATGGGTTTTAGGCTAAACATCAAATGGGGCGGTCTCTCAGTTCAATCGCCTCTCTCCACAAGTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015359
ATGGGTTTTAGGCTAAACATCAAATGGGGCGGTCTCTCAGTTCAATCGCCTCTCTCCACAAGTTCATCATCTTTGCCTTCTTCATATTCTTATAGAGGCAGGGATAGTTCGTGTATTTTGGCAAGAGTGTCTGCAGCATCTGTCCTATATAGTGAGGCCGAAACTCAAAATGATACTTCGCGGGCGCAAGTTTCCTCGTCTTCCCATCAGCTTCTGGAGAAGTATTTCATGGAAACTCGAGAATTAAAGGTGGCGCTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799717.1
MGFRLNIKWGGLSVQSPLSTSSSSLPSSYSYRGRDSSCILARVSAASVLYSEAETQNDTSRAQVSSSSHQLLEKYFMETRELKVALGKGSGDSSVYRLLDTDTRISSNGENSTSVASSRAMQTSQYRLLMKNLDVLEYMFADSDVVRLERDILEQLERLGALRLFRSFQSRTLISSTSFDVSNAPTENVDELRANDSVENHAGKVVVRSGKKEVRKSRRNRALEKESAALQELPTEAFSNNLQRPKFALPRRNSRSRNKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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