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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004573

染色体: Chr03 坐标: 63626563-63632354 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004573
名称SmilChr03G004573
描述uncharacterized SmilChr03G004573
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63626563 - 63632354 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015424
GeneID131015424
locus_tag-
NCBI NameLOC131015424
原始查询SmilChr03G004573

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0541700; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os05g0541700; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT1G55340 (AT1G55340)
-
identity=80; qcov=0.283; evalue=2.05e-41; confidence=weak
RiceOs05g0541700
-
identity=51.3; qcov=0.63; evalue=2.92e-45; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07797 (DUF1639)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799794.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799794.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799794.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799794.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057799794.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63626998 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B127
Chr3:63626998 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B127
Chr3:63627003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr3:63627021 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B101,B123
Chr3:63627021 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 2 B101,B123
Chr3:63627023 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 81 A10,A15,A22,A3,A4,A9,B103,B107,B11,B110,B111,B118,B121,B135,B139,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B22,B24,B28,B3,B32,B38,B39,B4,B46,B49,B51,B52,B57,B60,B64,B69,B72,B74,B77,B78,B79,B8,B84,B85,B86,B89,C11,C12,C16,C17,C22,C28,C30,C32,C33,C34,C38,C39,C47,C49,C51,C55,C6,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C71,C76,C77,C80,C83,C87,C9,D1,D10,D7
Chr3:63627036 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 21 A18,B1,B107,B113,B115,B122,B124,B133,B20,B32,B66,B9,B91,B97,B99,C11,C69,C82,C84,C85,D5
Chr3:63628185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr3:63628245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:63628264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:63628275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B136
Chr3:63628296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B124,B40,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799794.1
301 aa
N
1
150
301
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 225-274 aa
XP_057799795.1
301 aa
N
1
150
301
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 225-274 aa
XP_057799797.1
301 aa
N
1
150
301
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 225-274 aa
XP_057799798.1
301 aa
N
1
150
301
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 225-274 aa
XP_057799799.1
300 aa
N
1
150
300
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 225-274 aa
XP_057799800.1
300 aa
N
1
150
300
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 225-274 aa
XP_057799801.1
300 aa
N
1
150
300
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 225-274 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799794.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 225 274 5.8e-23 81.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057799795.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 225 274 5.8e-23 81.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057799797.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 225 274 5.8e-23 81.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057799798.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 225 274 5.8e-23 81.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057799799.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 225 274 1.3e-22 80.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057799800.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 225 274 1.3e-22 80.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057799801.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 225 274 1.3e-22 80.3 Protein of unknown function (DUF1639)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943816.1
CGGTATAAAACTGGAGGCTCTATACATGATGTCGCATTTTGTGTTGTTTCTTCACAAGAAGTAGAAAACCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCACCTTCTCTCTCACTGTAGTTTCTCTCTCAAAATTTTGGAGGAATTGATTGGAAAATTAGAGAATTTGTGAGCTGTGTTATCTGGTGACTGGCACATTATCGGATTATGTTTTAGAAGATATTCGAGTTCGATTGTGCTGGAAATTTTGATGCAGTCCGATTGGATTT...
XM_057943811.1
CGGTATAAAACTGGAGGCTCTATACATGATGTCGCATTTTGTGTTGTTTCTTCACAAGAAGTAGAAAACCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCACCTTCTCTCTCACTGTAGTTTCTCTCTCAAAATTTTGGAGGAATTGATTGGAAAATTAGAGAATTTGTGAGCTGTGTTATCTGGTGACTGGCACATTATCGGATTATGTTTTAGAAGATATTCGAGTTCGATTGTGCTGGAAATTTTGATGCAGTCCGATTGGATTT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131015424
ATGGAGCGGAACATTACTCACTCCACCAATCGAGACGGCTTATTGTTGAGATCTGAATCCAAGTCAGCTGCTACGACGTCGTCCGACTTCGTCTTGCAGTGGGGCAACAGGAAAAGGCTACGCTGCATGAAGTTCCAGGCCAAGGACCACAGCAATAACAACTCATCCGGTTCGGGTCCGGTTCAGCGTGCCACGACCCGGATCGATCGGCGGGTCGTCCGGTCGGATCTCAGCAAGAGAGAGGATCCGAATTCGAATCA...
LOC131015424
ATGGAGCGGAACATTACTCACTCCACCAATCGAGACGGCTTATTGTTGAGATCTGAATCCAAGTCAGCTGCTACGACGTCGTCCGACTTCGTCTTGCAGTGGGGCAACAGGAAAAGGCTACGCTGCATGAAGTTCCAGGCCAAGGACCACAGCAATAACAACTCATCCGGTTCGGGTCCGGTTCAGCGTGCCACGACCCGGATCGATCGGCGGGTCGTCCGGTCGGATCTCAGCAAGAGAGAGGATCCGAATTCGAATCA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057799794.1
MERNITHSTNRDGLLLRSESKSAATTSSDFVLQWGNRKRLRCMKFQAKDHSNNNSSGSGPVQRATTRIDRRVVRSDLSKREDPNSNQLNSNINAGKSNGGGNGYLNLRQRPASPSHRILRNLESSLGMRGHSIGVRGLTSPERGEKRGGGTTGNNNSTHLHSSNKNNNNNISSHHNDSNHYQHGLGHGGGSGSSGTCHDEKKGGSSSGGDTTIVAVWPPKFVIALTNKEKEEDFMAIKGSKLPQRPKKRAKFIQRTLNLV...
XP_057799795.1
MERNITHSTNRDGLLLRSESKSAATTSSDFVLQWGNRKRLRCMKFQAKDHSNNNSSGSGPVQRATTRIDRRVVRSDLSKREDPNSNQLNSNINAGKSNGGGNGYLNLRQRPASPSHRILRNLESSLGMRGHSIGVRGLTSPERGEKRGGGTTGNNNSTHLHSSNKNNNNNISSHHNDSNHYQHGLGHGGGSGSSGTCHDEKKGGSSSGGDTTIVAVWPPKFVIALTNKEKEEDFMAIKGSKLPQRPKKRAKFIQRTLNLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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