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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004583

染色体: Chr03 坐标: 63688276-63694295 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004583
名称SmilChr03G004583
描述uncharacterized SmilChr03G004583
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63688276 - 63694295 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015368
GeneID131015368
locus_tag-
NCBI NameLOC131015368
原始查询SmilChr03G004583

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述P0025A05.39-1; symbol=P0025A05.39-1; hit=Os01g0600300; species=rice; confidence=low
产物P0025A05.39-1; symbol=P0025A05.39-1; hit=Os01g0600300; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G11780 (AT5G11780)
SNF2 domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831050]
identity=30.6; qcov=1.01; evalue=7.38e-60; confidence=low
RiceOs01g0600300 (P0025A05.39-1)
-
identity=31.9; qcov=1.02; evalue=1.04e-61; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015368

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799731.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057799731.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799731.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799731.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799731.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63688785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C10,C18,C53
Chr3:63688845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:63689113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:63689191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr3:63689251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:63692730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:63692769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:63692771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:63693655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B44,D5
Chr3:63693697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:63693722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,C28,C56,D5
Chr3:63693730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B44,B76,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943748.1
GAAATCGGTTTCAAAAATTCTTCTGCCAAAAACCACCAAATTCAAAAAATTGATCCGTTAATACAGAACCCCGAACTTCCCTCTCTCCCTCCCTTTTTCTTAGGGTTTTAACACTCTCTTTCAAGACTAAAAACCCCAAGAAAAATCCCTAATTCCCAATTCCTACTTCGAAATCTCGATCGTAATTCCGGAATTTTACGTTTAATGCGTACATTGTCTGCGAATTTCCGCCAGTATGAACTCCCTGAAGCAAAATCAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015368
ATGAACTCCCTGAAGCAAAATCAGGAGTCCATGTTGCGAGAATCGATCAAGCACTTCTTAACTTCATACCACAGCGGCAGCTCGGATTACTCCTCTTTCGAGTTGATTTTCTTCCGTTTGATCCAGACCATGCTCGATCCCCCGCTTGAAATCACTTGGTTCTACGCCGCGGTCACATTCCACACCGCGAAGCGGAACAGCCCTGCCTCTAGGGTGCTGATAGCTAAGGATTTGTTGAATTTACTCGTTTCGTGCTCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799731.1
MNSLKQNQESMLRESIKHFLTSYHSGSSDYSSFELIFFRLIQTMLDPPLEITWFYAAVTFHTAKRNSPASRVLIAKDLLNLLVSCSNLSSASKKIALLAPVVYDLYSIVCDARMIELHERIEVGKLVENVVGYVMVSAGVYDYGNEDVECDSAVVCFEDLIRVWTTDRGGGSCNFVETLRLFFPLLSDGTWKKMNAGCGMRQLVGVVLLEVFFLRLYVSFSSRMCTEDVLKDMRDQAVQTIKGFRNNYFLDMLLKMLSGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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