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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004584

染色体: Chr03 坐标: 63689275-63692718 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004584
名称SmilChr03G004584
描述uncharacterized SmilChr03G004584
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63689275 - 63692718 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015429
GeneID131015429
locus_tag-
NCBI NameLOC131015429
原始查询SmilChr03G004584

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述SNF2 domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831050]; symbol=AT5G11780; hit=AT5G11780; species=arabidopsis; confidence=low
产物SNF2 domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831050]; symbol=AT5G11780; hit=AT5G11780; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G11780 (AT5G11780)
SNF2 domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831050]
identity=28.7; qcov=0.937; evalue=2.79e-22; confidence=low
RiceOs01g0600300 (P0025A05.39-1)
-
identity=30.7; qcov=0.899; evalue=1.24e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015429

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799811.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057799811.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799811.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799811.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799811.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63690834 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 1 C48
Chr3:63690834 G GCC 2bp_insertion CDS_variant 1 C48
Chr3:63691057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr3:63691179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B77,B85
Chr3:63691245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B44,C13,C25,C26,C7
Chr3:63691414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B77,B85,C14
Chr3:63691415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C48
Chr3:63691646 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A4,B100,B104,B105,B110,B111,B114,B12,B49,B5,B60,B65,B66,B7,B79,B89,C2,C38,C46,C5,C51,C55,C77,D1,D2,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943828.1
TTAACACGATCTACTACGCTCATTGATGTTAGCAACTATACGAGCAGCAGATAAACTTCTCAAGCTATATTGATATTACGCTTCTTGTAGTTTATATATAACTCCTTAAGGTGCACTGTTGGTTCTGGACAATTTTAATTTTTCGAAGTATTTAAGTAGAAATCTACTTTGACATCTTGATGGTGTCTCAAATAAGTAAGCCCTAGAGTTTTTGGTATAACAGCCTAACTTTCAGCTGCACAAGCAAGAATAGGACTATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015429
ATGGATGCACCAGTCTTGAATCTGATGGATTATCAGAGCCGAGTGGCAACTTATGATGATTTACTCAGAAGTTCAATCCATTATTTCTTAGTCGAGTATCCCAAAAGTGTATCAAATATCTGCAATTTGGTTTCACTGTATCGTAAGTTGATTGAAGACTTAAAAGATCCGCCTCTTGGAATTGTTTGGTTTTATGGTGCTGTTGTATTTCACAGCTATAGACCAAGCAGTCTGCCGCCCCCAGGAAAACTATTGGTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799811.1
MDAPVLNLMDYQSRVATYDDLLRSSIHYFLVEYPKSVSNICNLVSLYRKLIEDLKDPPLGIVWFYGAVVFHSYRPSSLPPPGKLLVAEDLLELVNECSSLCSVLRKVAVIAPVVYLLYHLEFDFSARDPSLREEIGIAVEGIVNYISICCSQYLDEGGQGSEYLGGYILDLIRIWMADPVRDSGKINIWASFFPTLGNEFQPEVTVCLGYLAGVVMNETLLLRLRLKISPGFDKEDLQRNMLNVAIQTIKGFQNFYFLGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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