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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004606

染色体: Chr03 坐标: 63815932-63818459 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004606
名称SmilChr03G004606
描述uncharacterized SmilChr03G004606
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63815932 - 63818459 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015342
GeneID131015342
locus_tag-
NCBI NameLOC131015342
原始查询SmilChr03G004606

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825081]; symbol=AT3G59120; hit=AT3G59120; species=arabidopsis; confidence=low
产物Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825081]; symbol=AT3G59120; hit=AT3G59120; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G59120 (AT3G59120)
Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825081]
identity=27.8; qcov=0.925; evalue=1.49e-37; confidence=low
RiceOs09g0492800
-
identity=27.8; qcov=0.259; evalue=5.02e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF03107 (C1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015342

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057799692.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057799692.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057799692.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057799692.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799692.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63816071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:63816082 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 8 B104,B105,B120,B44,B91,B93,C31,C61
Chr3:63816086 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 10 B123,B137,B51,B60,B82,C18,C3,C39,C86,D3
Chr3:63816092 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 11 B123,B137,B51,B60,B82,C1,C18,C3,C39,C86,D3
Chr3:63816093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,D9
Chr3:63816114 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 11 B123,B137,B51,B60,B82,C1,C18,C3,C39,C86,D3
Chr3:63816126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C16
Chr3:63816217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C2
Chr3:63816227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B30,B96,C28
Chr3:63816261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr3:63816263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A16,B7,C4
Chr3:63816346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B108,B139,B24,B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799692.1
670 aa
N
1
335
670
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 182-227 aa PF03107 C1_2 237-287 aa PF03107 C1_2 425-472 aa PF03107 C1_2 483-527 aa PF03107 C1_2 541-589 aa
XP_057799693.1
669 aa
N
1
334
669
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C1_2
C
PF03107 C1_2 182-227 aa PF03107 C1_2 237-287 aa PF03107 C1_2 424-471 aa PF03107 C1_2 482-526 aa PF03107 C1_2 540-588 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799692.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 182 227 3.1e-51 172.2 C1 domain
XP_057799692.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 237 287 3.1e-51 172.2 C1 domain
XP_057799692.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 425 472 3.1e-51 172.2 C1 domain
XP_057799692.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 483 527 3.1e-51 172.2 C1 domain
XP_057799692.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 541 589 3.1e-51 172.2 C1 domain
XP_057799693.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 182 227 3e-51 172.2 C1 domain
XP_057799693.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 237 287 3e-51 172.2 C1 domain
XP_057799693.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 424 471 3e-51 172.2 C1 domain
XP_057799693.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 482 526 3e-51 172.2 C1 domain
XP_057799693.1 Pfam PF03107 C1_2 Domain 540 588 3e-51 172.2 C1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943710.1
GACACAATCAGTAGTAGTTGAGAAGGAAAAAAAAATCCCACACACACGTATACAATGAGTGGGAAAGGAAATAAGATAGAGGAAGAGGAGGAGGAGACGAAGGTTGTTCATCATTGGAGCCACGAGCATCGTCTTACTCTGGAGAAACCTCGTATAGGAGAAGGATGTTTTGGCTGTGGAAAGCCTTTTAATGGAGGAGAGAAAGCTTATGCATGTAGATGTTGGTCGGTTGGTAAAGGTATCGTACTAGATGAAGAATG...
XM_057943709.1
GACACAATCAGTAGTAGTTGAGAAGGAAAAAAAAATCCCACACACACGTATACAATGAGTGGGAAAGGAAATAAGATAGAGGAAGAGGAGGAGGAGACGAAGGTTGTTCATCATTGGAGCCACGAGCATCGTCTTACTCTGGAGAAACCTCGTATAGGAGAAGGATGTTTTGGCTGTGGAAAGCCTTTTAATGGAGGAGAGAAAGCTTATGCATGTAGATGTTGGTCGGTTGGTAAAGGTATCGTACTAGATGAAGAATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131015342
ATGAGTGGGAAAGGAAATAAGATAGAGGAAGAGGAGGAGGAGACGAAGGTTGTTCATCATTGGAGCCACGAGCATCGTCTTACTCTGGAGAAACCTCGTATAGGAGAAGGATGTTTTGGCTGTGGAAAGCCTTTTAATGGAGGAGAGAAAGCTTATGCATGTAGATGTTGGTCGGTTGGTAAAGGTATCGTACTAGATGAAGAATGTTTGGGAATGCCGAGGAAGATTAGACACGCAATGCACCCACAACACATACTCAC...
LOC131015342
ATGAGTGGGAAAGGAAATAAGATAGAGGAAGAGGAGGAGGAGACGAAGGTTGTTCATCATTGGAGCCACGAGCATCGTCTTACTCTGGAGAAACCTCGTATAGGAGAAGGATGTTTTGGCTGTGGAAAGCCTTTTAATGGAGGAGAGAAAGCTTATGCATGTAGATGTTGGTCGGTTGGTAAAGGTATCGTACTAGATGAAGAATGTTTGGGAATGCCGAGGAAGATTAGACACGCAATGCACCCACAACACATACTCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057799692.1
MSGKGNKIEEEEEETKVVHHWSHEHRLTLEKPRIGEGCFGCGKPFNGGEKAYACRCWSVGKGIVLDEECLGMPRKIRHAMHPQHILTQHVLSFKEYENGTLTGKLCAICESSLINRVRMLTRRDYFLVERFLINAAGNIFYKCMKAECELWMHMRCAQGSDMMYDAADDDDDEQCRTINHRSHPKHGLKLVRRSSPFKCDACGITRGGESYICCKPNCQYWIHKSCASLPQTIESEYHSHSLSLSFHVPPQYMKRVLKCD...
XP_057799693.1
MSGKGNKIEEEEEETKVVHHWSHEHRLTLEKPRIGEGCFGCGKPFNGGEKAYACRCWSVGKGIVLDEECLGMPRKIRHAMHPQHILTQHVLSFKEYENGTLTGKLCAICESSLINRVRMLTRRDYFLVERFLINAAGNIFYKCMKAECELWMHMRCAQGSDMMYDAADDDDDEQCRTINHRSHPKHGLKLVRRSSPFKCDACGITRGGESYICCKPNCQYWIHKSCASLPQTIESEYHSHSLSLSFHVPPQYMKRVLKCD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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