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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004622

染色体: Chr03 坐标: 63899166-63902492 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004622
名称SmilChr03G004622
描述cytochrome P450 711A1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63899166 - 63902492 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015367
GeneID131015367
locus_tag-
NCBI NameLOC131015367
原始查询SmilChr03G004622

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 711A1
产物cytochrome P450 711A1
ArabidopsisAT2G26170 (CYP711A1)
cytochrome P450, family 711, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817157]
identity=71.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0701400 (SLB2)
-
identity=62.4; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015367

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057799728.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057799728.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799728.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799728.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799728.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63900130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B132,B64,B89
Chr3:63901236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,C81
Chr3:63901255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr3:63901287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C40
Chr3:63901410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:63902068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr3:63902101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:63902118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr3:63902130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B2,C20,D11
Chr3:63902139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C64
Chr3:63902140 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C64
Chr3:63902143 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 A14,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799728.1
514 aa
N
1
257
514
p450
C
PF00067 p450 36-494 aa
XP_057799729.1
514 aa
N
1
257
514
p450
C
PF00067 p450 36-494 aa
XP_057799730.1
514 aa
N
1
257
514
p450
C
PF00067 p450 36-494 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799728.1 Pfam PF00067 p450 Domain 36 494 2.9e-83 280.9 Cytochrome P450
XP_057799729.1 Pfam PF00067 p450 Domain 36 494 2.9e-83 280.9 Cytochrome P450
XP_057799730.1 Pfam PF00067 p450 Domain 36 494 2.9e-83 280.9 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943745.1
GATAATGTTTTTTCTTGATCACTCTATCTCTTTCTGCAGATGGTGGGTGAGAAAAGAGCTTCCACAAAGGTCTTGTTGCTTCATGCAAGAACTCGTTGACAGCTTCGTCTCTCAGATCTGTGAAGACGACGTCTGGTCTAACACCACTCGCGTTGTAAACAGAGATCAAGAAAACAGAAAGGGACATAGTTGGAAGATCTTTTCCAGCCCTTGGCACAGATGGTGGTAGAGCCCTTTACAGCGTTGAAGATCGCCTCGTT...
XM_057943747.1
GCCTCCATTGGCCGGTGCCCGTGTGGCCCGGTGTGGGTGACGCTGGCTGTCTGACGCGACTGACGGCTCTAAACATCCAATCACCAGAGATCCTCAAGAGACCATCTCTCTCCATAGATCTTTTCCAGCCCTTGGCACAGATGGTGGTAGAGCCCTTTACAGCGTTGAAGATCGCCTCGTTCCTAGCAGCCGTAGTTGGAGTGTTGGTGTACCTTTATGCACCGAGTTGGGGTGTGAGACGAGTCCCCGGCCCTCCAGCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015367
ATGGTGGTAGAGCCCTTTACAGCGTTGAAGATCGCCTCGTTCCTAGCAGCCGTAGTTGGAGTGTTGGTGTACCTTTATGCACCGAGTTGGGGTGTGAGACGAGTCCCCGGCCCTCCAGCAATGCCCGTGGTCGGACACCTCCCATTGCTCGCGAAGTATGGCCCCGACGTGTTCTCTGTTCTTGCCAAGCGACACGGCCCCATATTCAGATTCCATATGGGAAGACAGCCACTAGTAATTGTAGCAAATGCAGAGCTTTG...
LOC131015367
ATGGTGGTAGAGCCCTTTACAGCGTTGAAGATCGCCTCGTTCCTAGCAGCCGTAGTTGGAGTGTTGGTGTACCTTTATGCACCGAGTTGGGGTGTGAGACGAGTCCCCGGCCCTCCAGCAATGCCCGTGGTCGGACACCTCCCATTGCTCGCGAAGTATGGCCCCGACGTGTTCTCTGTTCTTGCCAAGCGACACGGCCCCATATTCAGATTCCATATGGGAAGACAGCCACTAGTAATTGTAGCAAATGCAGAGCTTTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057799728.1
MVVEPFTALKIASFLAAVVGVLVYLYAPSWGVRRVPGPPAMPVVGHLPLLAKYGPDVFSVLAKRHGPIFRFHMGRQPLVIVANAELCREVGIKKFKYLSNRSIPSPIAASPLHQKGLFFTRDTRWSSMRNTILSLYQPSHLAKLIPTMQGVIASATQDLDSGDFTFSDLSLKLATDVIGRAAFGVDFGLSKPESRRHHEDGRVQDFIDQHVYSTSQLKMDLSGSFSIILGLLAPVLQEPFRQLLKRIPGTMDWKVERTNG...
XP_057799729.1
MVVEPFTALKIASFLAAVVGVLVYLYAPSWGVRRVPGPPAMPVVGHLPLLAKYGPDVFSVLAKRHGPIFRFHMGRQPLVIVANAELCREVGIKKFKYLSNRSIPSPIAASPLHQKGLFFTRDTRWSSMRNTILSLYQPSHLAKLIPTMQGVIASATQDLDSGDFTFSDLSLKLATDVIGRAAFGVDFGLSKPESRRHHEDGRVQDFIDQHVYSTSQLKMDLSGSFSIILGLLAPVLQEPFRQLLKRIPGTMDWKVERTNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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