Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004640`

染色体: Chr03 坐标: 63993792-63999844 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004640`
名称	SmilChr03G004640
描述	aminopeptidase M1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	63993792 - 63999844 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015329`
GeneID	`131015329`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015329`
原始查询	`SmilChr03G004640`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	aminopeptidase M1
产物	aminopeptidase M1
Arabidopsis	`AT4G33090` (APM1) aminopeptidase M1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829446] identity=72.9; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0218200` - identity=64; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0042277 (peptide binding); GO:0043171 (peptide catabolic process); GO:0070006 (metalloaminopeptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01433 (Peptidase_M1); PF11838 (ERAP1_C); PF17900 (Peptidase_M1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015329

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057799668.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057799668.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799668.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799668.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799668.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:63994001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:63994042`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr3:63994057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B46,B68,B71
`Chr3:63994606`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:63994990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B40,B60,C42,C6,C62
`Chr3:63995039`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C32
`Chr3:63995039`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C32
`Chr3:63995056`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B79,C16,C81
`Chr3:63995978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B46,B68,B71
`Chr3:63996050`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B17,B8,C13,C28,C30
`Chr3:63996071`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr3:63996426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799668.1

878 aa

439

878

Peptidase_M1_N

Peptidase_M1

ERAP1_C

PF17900 Peptidase_M1_N 23-205 aa PF01433 Peptidase_M1 240-456 aa PF11838 ERAP1_C 534-851 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799668.1`	Pfam	`PF17900`	Peptidase_M1_N	Domain	23	205	5.9e-53	180.5	Peptidase M1 N-terminal domain
`XP_057799668.1`	Pfam	`PF01433`	Peptidase_M1	Domain	240	456	9.4e-90	300.7	Peptidase family M1 domain
`XP_057799668.1`	Pfam	`PF11838`	ERAP1_C	Domain	534	851	6.4e-81	272.9	ERAP1-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943685.1
ACAAGCTACTCATTCTTTCACAAATAAAAACTGAAAACAAAGTTTTCACCTTTGTAGAGAACTCAACAATGGCGGAGCAGAATCAGAAATACTCTCAGTTTAGAGGGCAGCCGCGTCTGCCTAAATTCGCAATCCCTAAGCGCTACGATCTCAAACTTAAGCCCGATCTCGCCGCCTGCAAATTCGCCGGCGCCGTTCAAATCTCCATTGACGTTGTTTCAGACACTAAGTTCCTCGTCCTCAATGCCGCCGAACTCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015329
ATGGCGGAGCAGAATCAGAAATACTCTCAGTTTAGAGGGCAGCCGCGTCTGCCTAAATTCGCAATCCCTAAGCGCTACGATCTCAAACTTAAGCCCGATCTCGCCGCCTGCAAATTCGCCGGCGCCGTTCAAATCTCCATTGACGTTGTTTCAGACACTAAGTTCCTCGTCCTCAATGCCGCCGAACTCTCCGTCAGCTCTAAATCCGTCAGTTTCGCGTCTGCAAATAAGGTTTTGGAGGCTGTGGCAGTAGAGTTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799668.1
MAEQNQKYSQFRGQPRLPKFAIPKRYDLKLKPDLAACKFAGAVQISIDVVSDTKFLVLNAAELSVSSKSVSFASANKVLEAVAVELFAEDEIVVLEFKESLSIGAGVLSMEFEGTLNDRMKGFYRSTYEHNGEKKNMAVTQFEPADARRCFPCWDEPACKATFKITLEVPSDLVALSNMPITEEKQNGNLKTVYYQESPIMSTYLVAVVVGLFDYVEDNTPDGINVRVYCQVGKASQGKFALDVAVKTLGLYKEYFAVPY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器