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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004645

染色体: Chr03 坐标: 64017454-64018538 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004645
名称SmilChr03G004645
描述17.3 kDa class II heat shock protein-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64017454 - 64018538 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015460
GeneID131015460
locus_tag-
NCBI NameLOC131015460
原始查询SmilChr03G004645

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述17.3 kDa class II heat shock protein-like
产物17.3 kDa class II heat shock protein-like
ArabidopsisAT5G12020 (HSP17.6II)
17.6 kDa class II heat shock protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831075]
identity=63.3; qcov=0.949; evalue=3.38e-54; confidence=high
RiceOs01g0184100 (OsHsp18.0)
-
identity=68.7; qcov=1.05; evalue=2.25e-59; confidence=high
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0009408 (response to heat); GO:0009651 (response to salt stress); GO:0042542 (response to hydrogen peroxide); GO:0043621 (GO:0043621); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051259 (protein complex oligomerization)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00011 (HSP20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015460

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057799862.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799862.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799862.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799862.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799862.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64017749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr3:64017767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:64017779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C36,C38
Chr3:64017851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B46
Chr3:64017947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B139
Chr3:64017969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C5
Chr3:64018130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B45,C52,C72,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799862.1
158 aa
N
1
79
158
HSP20
C
PF00011 HSP20 53-156 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799862.1 Pfam PF00011 HSP20 Domain 53 156 1.5e-30 106.0 Hsp20/alpha crystallin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943879.1
TAAATAATTAGATAGAATGCCAGGCTGGCACCATTTTCAGACATGGGAAGTAAAAAAAATTAAAAAAATAAAAAAAAAACGAGGCGAAACGACCCAATTTTCAAATTCCCCAAATGTCTCCACGTCAGCGAACATACACATTCTAGAACAATATCCATTCTACCAGAGAGCCCGAGCGACCCCTCTGCTTTCTCTCTCCAGAAACTTCTCTAATCTTCCGTAACCACCCTATAAATAACTAACCCCACCGTCACTCATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015460
ATGGATTTCAGGCTAATGGGACTCGACGCCCCCCTCCTCCACACCATCCAGCACATGCTCGACGGCGACGACGTCGGCGGCGACGCGGCGAAGTCGGGCGGCGGCCCCACCAGGACCTACGTCCGCGACGCCAGGGCCATGGCGGCGACGCCGGCGGACGTGAAGGAGTACCCGACCTCGTACGTGTTCGTGATCGACATGCCGGGGCTCAAGTCCGGCGACATCAGGGTGCAGGTGGAGGAGGACAACGTGCTGAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799862.1
MDFRLMGLDAPLLHTIQHMLDGDDVGGDAAKSGGGPTRTYVRDARAMAATPADVKEYPTSYVFVIDMPGLKSGDIRVQVEEDNVLNISGERKREEEEGAKYVRMERRIGKFMRKFVLPENANTDKITAVCQDGVLTVTVEKLPPPEPKKPKTIEVKIA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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