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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004648

染色体: Chr03 坐标: 64023824-64034544 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004648
名称SmilChr03G004648
描述ankyrin repeat-containing protein NPR4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64023824 - 64034544 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015387
GeneID131015387
locus_tag-
NCBI NameLOC131015387
原始查询SmilChr03G004648

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat-containing protein NPR4-like
产物ankyrin repeat-containing protein NPR4-like
ArabidopsisAT4G10720 (AT4G10720)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826666]
identity=26.6; qcov=0.903; evalue=1.13e-36; confidence=low
RiceOs09g0334900
-
identity=26.4; qcov=0.919; evalue=9.41e-30; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0008157 (protein phosphatase 1 binding); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity); GO:0035304 (GO:0035304)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5); PF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015387

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799751.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799751.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799751.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799751.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799751.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64024196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B100,B16,B82,C45
Chr3:64024210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B40,C52,C9
Chr3:64024212 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C34
Chr3:64024212 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C34
Chr3:64024229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr3:64024384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr3:64024388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B90,B92
Chr3:64024490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:64024499 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B108,C23
Chr3:64024499 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 B108,C23
Chr3:64024514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr3:64024579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799751.1
433 aa
N
1
216
433
Ank_2
Ank
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank_5
Ank_3
Ank
PGG
C
PF12796 Ank_2 6-90 aa PF00023 Ank 37-57 aa PF12796 Ank_2 67-125 aa PF00023 Ank 72-94 aa PF13637 Ank_4 74-121 aa PF12796 Ank_2 100-158 aa PF00023 Ank 104-132 aa PF13637 Ank_4 108-158 aa PF12796 Ank_2 109-203 aa PF13857 Ank_5 163-209 aa PF13606 Ank_3 171-201 aa PF00023 Ank 171-203 aa PF13962 PGG 248-364 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799751.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 6 90 2.1e-37 128.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799751.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 37 57 3.3e-26 90.6 Ankyrin repeat
XP_057799751.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 67 125 2.1e-37 128.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799751.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 72 94 3.3e-26 90.6 Ankyrin repeat
XP_057799751.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 74 121 5.1e-24 84.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799751.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 100 158 2.1e-37 128.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799751.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 104 132 3.3e-26 90.6 Ankyrin repeat
XP_057799751.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 108 158 5.1e-24 84.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799751.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 109 203 2.1e-37 128.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799751.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 163 209 4.3e-24 85.0 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799751.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 171 201 5.3e-23 79.1 Ankyrin repeat
XP_057799751.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 171 203 3.3e-26 90.6 Ankyrin repeat
XP_057799751.1 Pfam PF13962 PGG Domain 248 364 1.2e-29 103.1 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943768.1
ACTGTCTGCAAGTAATAAGAAGTCAACCACCCAAGTCAACCCTATGATTAACATAAATCAAGAACTTGTGTAAATGCTGTAGAGAGAGAGAGAGATGGAAAAGCTGTATGAGAGTGCAGCAAGAGGTGATGTGGAGGCTCTGCGCCAATTACTCCAAAAAGACACATTTCTCCTAGAAAGAGTCTCCTACACAACCCCAAACAACACACCTCTACACATAGCTTCATTGAAAGGCCACTTACCCTATGTTGAAGAAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015387
ATGGAAAAGCTGTATGAGAGTGCAGCAAGAGGTGATGTGGAGGCTCTGCGCCAATTACTCCAAAAAGACACATTTCTCCTAGAAAGAGTCTCCTACACAACCCCAAACAACACACCTCTACACATAGCTTCATTGAAAGGCCACTTACCCTATGTTGAAGAAATCCTGAGAGTCAGCCCTCATCTGGCTGAGGAGCTCGACTCTCAGCAATCCTCGCCCCTCCACGTCGCCTCTGCACGGGGCAACGTGGAGGTCGCGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799751.1
MEKLYESAARGDVEALRQLLQKDTFLLERVSYTTPNNTPLHIASLKGHLPYVEEILRVSPHLAEELDSQQSSPLHVASARGNVEVARRLVGAAPEMCLSRDSRGRNPVHVAAIKGRVELLEELVSRAPPAARQKVGRGLTAMHLCVEHGQLPALKVLVREVKELINAKNDDGDTILHMAVMGKKIEIMEYLFEAPNIDINAKNSNGQTAKSILEQIQPDAEKDSGIRHLLCPGLARLKTRHGDTQPVKWLTKKRDSIMVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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