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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004663`

染色体: Chr03 坐标: 64105728-64108443 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004663`
名称	SmilChr03G004663
描述	40S ribosomal protein S3-2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	64105728 - 64108443 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015439`
GeneID	`131015439`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015439`
原始查询	`SmilChr03G004663`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S3-2
产物	40S ribosomal protein S3-2
Arabidopsis	`AT5G35530` (AT5G35530) Ribosomal protein S3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833518] identity=82.7; qcov=1.06; evalue=4.24e-149; confidence=high
Rice	`Os03g0577000` - identity=94; qcov=0.931; evalue=1.36e-151; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00189 (Ribosomal_S3_C); PF07650 (KH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057799827.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057799827.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057799827.1`
4	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057799827.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799827.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:64105972`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B40,B60,C42,C62
`Chr3:64106012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr3:64106015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B46,B68,C20,C77
`Chr3:64106488`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:64107210`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799827.1

233 aa

116

233

KH_2

Ribosomal_S3_C

PF07650 KH_2 20-94 aa PF00189 Ribosomal_S3_C 106-188 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799827.1`	Pfam	`PF07650`	KH_2	Domain	20	94	2.7e-15	56.7	KH domain
`XP_057799827.1`	Pfam	`PF00189`	Ribosomal_S3_C	Domain	106	188	4e-27	95.3	Ribosomal protein S3, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943844.1
ACAATCATAATTTCATTGCCTGATTTATTAAAAAAAATGTATAGAAATTAAAAAAAGAGACTCAAATGATAGGGTTTCTGAGCCATAGGTAAATTACTCTTCCACCCTTAGGGTTTCTCAGCCACAGTTTTTATTGGATTCGAGAAACACGCACCACCGCCAAACGCAGCTGCAGCGAGCTGAGACTAACAATGGCGACGCAGATGAGCAAAAAGCGAAAGTTTGTTGCTGATGGCGTGTTCTTCGCCGAGCTGAACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015439
ATGGCGACGCAGATGAGCAAAAAGCGAAAGTTTGTTGCTGATGGCGTGTTCTTCGCCGAGCTGAACGAGGTGCTGACTCGCGAGTTGGCGGAGGATGGCTACTCCGGAGTCGAGGTCCGAGTCACGCCGATGCGCACCGAGATCATCATCCGAGCTACTCGTACACAGAACGTACTCGGAGAGAAGGGTAGGAGAATTAGGGAGCTGACGTCAGTTGTTCAAAAGCGTTTCAAGTTCCCAGAGAACAGTGTCGAGCTTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799827.1
MATQMSKKRKFVADGVFFAELNEVLTRELAEDGYSGVEVRVTPMRTEIIIRATRTQNVLGEKGRRIRELTSVVQKRFKFPENSVELYAEKVNNRGLCAIAQAESLRYKLLGGLAVRRACYGVLRFVMENGAKGCEVIVSGKLRAQRAKSMKFKDGYMISSGQPVNEYIDSAVRHVLLRQGVLGIKVKIMLEWDPKGKVGPMTPLPDVVTIHPPKEEEYIPQIPQTVAPAIEVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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