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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004665

染色体: Chr03 坐标: 64113354-64115424 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004665
名称SmilChr03G004665
描述NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit U, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64113354 - 64115424 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015444
GeneID131015444
locus_tag-
NCBI NameLOC131015444
原始查询SmilChr03G004665

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit U, chloroplastic
产物NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit U%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G21430 (NdhU)
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832247]
identity=51.3; qcov=0.863; evalue=2.24e-54; confidence=high
RiceOs12g0498500
-
identity=61; qcov=0.667; evalue=1.15e-58; confidence=high
GOGO:0009507 (chloroplast); GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0010598 (NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone))
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015444

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057799836.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057799836.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057799836.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057799836.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799836.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64113672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B17,B47,C35,C45,D10
Chr3:64113704 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 21 A15,A19,A20,B10,B104,B118,B126,B135,B139,B65,B67,B69,B88,C14,C28,C47,C70,C71,C76,C80,D3
Chr3:64113707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C62
Chr3:64113708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:64113715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C38
Chr3:64113745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:64113761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:64113766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C40
Chr3:64113783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr3:64113966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr3:64114691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B66,C62
Chr3:64114806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B118,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943853.1
ACGAAACAATGCCAATGCATAATCAAAATTGAATGAAAGTTAAGGTATAATTTATAAAAAAGTAAACGATTTTCTTTAATAGAATTTACAAAAATGAGGTGGTATGTATATAAAGACAAAAGTGGGAAGATAGCATTTCTTTGGCAAGGAGTGATCCTTGCTTTATCTACTCGCAAACATCACTAAACCACGTTACTAACCCAACACACACACACACACACAAAGGCATGGCTGCTGCTGCATCACCAGCTACTGTGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015444
ATGGCTGCTGCTGCATCACCAGCTACTGTGGCAAGTAGCGCTTATTACGCACCTGCTCAAAAACGTGTTTCCATCGAGGATTATCGCGTTCGCATTTTACCTTGCAGCCATGCAAGGCGGCGGCGGCGGTCGTTGGTCGTCAGAAGCTCCGGCGAGGAGAGCGCGACGACGGCGGTTGATGAGGCGAATCCACAACCGCCGGCGGAAGTCCCGAAAGGACCTCCGTCGCTGATCTCAACTCTTAATGTGGAGAAAGCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799836.1
MAAAASPATVASSAYYAPAQKRVSIEDYRVRILPCSHARRRRRSLVVRSSGEESATTAVDEANPQPPAEVPKGPPSLISTLNVEKALRGIAITDADHYGRLGLRSKCSYNEVNVAYKSKMAELTSKELDEEELSKELELLKESHSVLSSAEERRLYDWSLARSGKPDTYMWPFEVDITQAPIGDPPPQEPEDEWPTTLTGYFFLGWMVLSFVLFITLNR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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