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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004671

染色体: Chr03 坐标: 64166559-64168856 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004671
名称SmilChr03G004671
描述uncharacterized SmilChr03G004671
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64166559 - 64168856 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015509
GeneID131015509
locus_tag-
NCBI NameLOC131015509
原始查询SmilChr03G004671

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0459300; species=rice; confidence=high
产物hit=Os08g0459300; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G02180 (AT1G02180)
ferredoxin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839543]
identity=45.6; qcov=0.754; evalue=8.09e-47; confidence=medium
RiceOs08g0459300
-
identity=58.6; qcov=0.884; evalue=1.48e-75; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015509

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799896.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799896.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799896.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799896.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799896.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64168123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,C13,C38,C44
Chr3:64168145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,B82
Chr3:64168186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B86,C17,C46,C74
Chr3:64168289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr3:64168313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,B82
Chr3:64168409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B52,B57
Chr3:64168502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,C78
Chr3:64168550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr3:64168577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B32,B69,C78
Chr3:64168634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B27,B98,C33,D10,D4
Chr3:64168645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr3:64168652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,B83,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943913.1
TCCTTCCACAGCTATTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAACTGCAGCAATGGCGAATCCCATTTGGGTTTTTGCACTTCTCGTTGTCTTCATTTCAGCTTCTGCAACTGCAAGTGTTCAAAATAAAGTCACGGACAACCCTGCAGATGAGCTCGTGGCCGCAGTGAACAGCAACCGAACGTCTAGTAAGTTGCCGTCCCTGTACAGCAGCCAAGGCCTCGCGTGCATTGCTCTCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015509
ATGGCGAATCCCATTTGGGTTTTTGCACTTCTCGTTGTCTTCATTTCAGCTTCTGCAACTGCAAGTGTTCAAAATAAAGTCACGGACAACCCTGCAGATGAGCTCGTGGCCGCAGTGAACAGCAACCGAACGTCTAGTAAGTTGCCGTCCCTGTACAGCAGCCAAGGCCTCGCGTGCATTGCTCTCCAATACATCAAAGCGTACCAAGGGGACTGTGGTGCCGTAGGCGGACCAAATGCCAAGAAACCGGCTGACTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799896.1
MANPIWVFALLVVFISASATASVQNKVTDNPADELVAAVNSNRTSSKLPSLYSSQGLACIALQYIKAYQGDCGAVGGPNAKKPADSEFAETFAPNCGVEASTLAPITGRLLGCQSKYLKPSEAFSDILMKNNKSMEILQSKNHTEVGAAVSGSDGGGSYFWCVLFSSGKSNSSFALEGTAAKISRPGCFSGANDVCSGAVLSRTRRVWPAAAAGLIALAYAFGI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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