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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004673

染色体: Chr03 坐标: 64175484-64176160 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004673
名称SmilChr03G004673
描述uncharacterized SmilChr03G004673
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64175484 - 64176160 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015511
GeneID131015511
locus_tag-
NCBI NameLOC131015511
原始查询SmilChr03G004673

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0176900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0176900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G21910 (AT5G21910)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832251]
identity=44.6; qcov=0.852; evalue=8.48e-06; confidence=low
RiceOs03g0176900
-
identity=40.2; qcov=0.759; evalue=2.35e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015511

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057799898.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057799898.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057799898.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057799898.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799898.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64175687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr3:64175741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,D9
Chr3:64175790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943915.1
CAATATTTCCACTTTATTTTATTTCCTTTGATGTATGAGAATTTAAATTAGTGCTACAAGAATCATATTCCCACATATCTTTACCACATAAAGAGAAGGCAAAGCTCCTCCAATCTCTCTTTTACTTATTCTTATCTCATCTCTCTAAACTCCAACACCTTGTTTTAGAAGCTCTCATCTCCTAAAAATGCCAATCCCTTTGAATGGAGCAAGGAGCAATGAGGAGGTTTTCTGCTCATGACAAGAGGGCTTTGGCCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015511
ATGGAGCAAGGAGCAATGAGGAGGTTTTCTGCTCATGACAAGAGGGCTTTGGCCATAGGCTTAGCCATTCTTGCTATACTTTCGCCTCTCTACGTTAATCATAGATCGATCTCTGAGGAGGAGCTCGAGGAAGAGCCGTTGCACTTGTCGTCGTACTTGCCCCTTCTGCAGCTATTGTTGATGATGGCCATAGCTATCTCGAGTTTCATGGAGCGCGGCTTCACCGGGCTCGATCCTTATTGGATTCATCGGGCGGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799898.1
MEQGAMRRFSAHDKRALAIGLAILAILSPLYVNHRSISEEELEEEPLHLSSYLPLLQLLLMMAIAISSFMERGFTGLDPYWIHRAGGSSIGIIFILIILTFVLKWKTY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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