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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004682

染色体: Chr03 坐标: 64238831-64239774 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004682
名称SmilChr03G004682
描述uncharacterized SmilChr03G004682
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64238831 - 64239774 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015522
GeneID131015522
locus_tag-
NCBI NameLOC131015522
原始查询SmilChr03G004682

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015522

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057799910.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057799910.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057799910.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057799910.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64239127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C5
Chr3:64239157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B79
Chr3:64239254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B25,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799910.1
144 aa
N
1
72
144
Zn_ribbon_GRF
C
PF06839 Zn_ribbon_GRF 25-64 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799910.1 Pfam PF06839 Zn_ribbon_GRF Domain 25 64 4.4e-11 43.4 GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943927.1
CCATGAACTTTGGGCCCATTTCCAAATTTTCCATGAACTTTGATTTTTATCAAATTTTCCCTGAACTTAAAGGCGGGAACAATTTTTCCATGAATTTCGAAAATCCCCAATTTGACTGCTGAGTTGGCACCATTTAAGTCGCCTGAAAGCTGACTTGGCACCGGCGACGATATGAAGAAACGACGTCGTCCTATACCCATAATACTACGTCGTTTGATTAAAATTTTGTTCCCTAAATCTAGAATTTAAGAAATTGCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015522
ATGAAGTTCACGCCATCTGCCTCCTGTTATAGCGCCTCGTCCTCGTCCATGACTACACCAGATTTCTTCCCTGAATGCGCGTGCAAACTTCAAGTGGAGATGAAAACGTCGCGAACACAGCTCAATCCTGGGCGAAGATTCTTGAGATGCTCCAACAAAGAGAAACAATGTGGCTTCTTTGAGTGGGTAGATCCTGAAGTAAAGCCTAAAATTGAAGATGACGAAGATGAAAAATTGAACTTCTGGATTGGAGAATGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799910.1
MKFTPSASCYSASSSSMTTPDFFPECACKLQVEMKTSRTQLNPGRRFLRCSNKEKQCGFFEWVDPEVKPKIEDDEDEKLNFWIGECYRLGKYVEEDMKRIRLLENEVRLLRMENVESSKCSMKKMVACACVLGVVCLVIQAFVS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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