Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004689`

染色体: Chr03 坐标: 64276389-64277364 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004689`
名称	SmilChr03G004689
描述	EG45-like domain containing protein 2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	64276389 - 64277364 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015530`
GeneID	`131015530`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015530`
原始查询	`SmilChr03G004689`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	EG45-like domain containing protein 2
产物	EG45-like domain containing protein 2
Arabidopsis	`AT2G18660` (PNP-A) plant natriuretic peptide A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816381] identity=41.3; qcov=0.82; evalue=1.03e-21; confidence=medium
Rice	`Os09g0473200` - identity=36; qcov=1.02; evalue=8.5e-22; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03330 (DPBB_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015530

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057799919.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057799919.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799919.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799919.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799919.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:64276575`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B31,C52
`Chr3:64276824`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr3:64276856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,D8
`Chr3:64276865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B58
`Chr3:64276865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr3:64276917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr3:64276938`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr3:64276981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr3:64277028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B114,B117,B95,C8
`Chr3:64277043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B3,B77,C8,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799919.1

133 aa

133

DPBB_1

PF03330 DPBB_1 58-129 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799919.1`	Pfam	`PF03330`	DPBB_1	Domain	58	129	7.9e-10	39.6	Lytic transglycolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943936.1
TTTCAACCACACTTACCAAATATATATTCATTCAAGTTTGATAAACACTTCTTTGCTTCTTGATTCTTGATTCAATTTCTCAATCACTATGAGTCCAAAACTAGCCTTTGCCATTGCAACAATCCTAAGCATTTCATGCAACGAAAAAATTCTTGTTTTTGGCGACATTGGGACAGCTAGTTCCTACAACCCTCCTTACACACCTACTAGGTGCAATGGCAATAGAGGCGACCAATTCCCCTCGGGCAACCTGTTTGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015530
ATGAGTCCAAAACTAGCCTTTGCCATTGCAACAATCCTAAGCATTTCATGCAACGAAAAAATTCTTGTTTTTGGCGACATTGGGACAGCTAGTTCCTACAACCCTCCTTACACACCTACTAGGTGCAATGGCAATAGAGGCGACCAATTCCCCTCGGGCAACCTGTTTGTGCAAGTGAGCGAGGGGCTGTGGGACAACGGCGCTGCTTGCGGCCGCCGTTACAGACTCCGGTGCCTCAGCGGCAGCAACCGGCCGTGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799919.1
MSPKLAFAIATILSISCNEKILVFGDIGTASSYNPPYTPTRCNGNRGDQFPSGNLFVQVSEGLWDNGAACGRRYRLRCLSGSNRPCKEGTVDVRVVDFCTRRPCPSTIMMSTDAFAAVSRSPNAKINIEFIEI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器