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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004696

染色体: Chr03 坐标: 64298710-64304213 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004696
名称SmilChr03G004696
描述RNA-dependent RNA polymerase 6
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64298710 - 64304213 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015535
GeneID131015535
locus_tag-
NCBI NameLOC131015535
原始查询SmilChr03G004696

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-dependent RNA polymerase 6
产物RNA-dependent RNA polymerase 6
ArabidopsisAT3G49500 (RDR6)
RNA-dependent RNA polymerase 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824112]
identity=63.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0527600 (SHL2)
-
identity=58.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003968 (RNA-directed RNA polymerase activity); GO:0030422 (siRNA processing); GO:0031380 (nuclear RNA-directed RNA polymerase complex)
KEGG-
PfamPF05183 (RdRP); PF24572 (RBD_RDR6); PF24577 (RDR6_2nd); PF26252 (RdRP_helical); PF26253 (RdRP_head)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015535

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799925.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057799925.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799925.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799925.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799925.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64300018 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr3:64300018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:64300082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:64300136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:64300169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:64300170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:64300185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C81,C84
Chr3:64300228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:64300241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:64300262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:64300264 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr3:64300264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799925.1
1195 aa
N
1
598
1195
RBD_RDR6
RDR6_2nd
RdRP_helical
RdRP
RdRP_head
C
PF24572 RBD_RDR6 11-108 aa PF24577 RDR6_2nd 129-292 aa PF26252 RdRP_helical 318-402 aa PF05183 RdRP 418-999 aa PF26253 RdRP_head 1020-1177 aa
XP_057799926.1
1195 aa
N
1
598
1195
RBD_RDR6
RDR6_2nd
RdRP_helical
RdRP
RdRP_head
C
PF24572 RBD_RDR6 11-108 aa PF24577 RDR6_2nd 129-292 aa PF26252 RdRP_helical 318-402 aa PF05183 RdRP 418-999 aa PF26253 RdRP_head 1020-1177 aa
XP_057799927.1
1195 aa
N
1
598
1195
RBD_RDR6
RDR6_2nd
RdRP_helical
RdRP
RdRP_head
C
PF24572 RBD_RDR6 11-108 aa PF24577 RDR6_2nd 129-292 aa PF26252 RdRP_helical 318-402 aa PF05183 RdRP 418-999 aa PF26253 RdRP_head 1020-1177 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799925.1 Pfam PF24572 RBD_RDR6 Domain 11 108 1.7e-28 99.7 RNA-dependent RNA polymerase 6, RNA-binding domain
XP_057799925.1 Pfam PF24577 RDR6_2nd Domain 129 292 1.3e-80 269.6 RNA-dependent RNA polymerase 6 second domain
XP_057799925.1 Pfam PF26252 RdRP_helical Domain 318 402 2.3e-20 73.2 RNA dependent RNA polymerase, helical domain
XP_057799925.1 Pfam PF05183 RdRP Family 418 999 3.4e-188 627.7 RNA dependent RNA polymerase
XP_057799925.1 Pfam PF26253 RdRP_head Domain 1020 1177 2e-43 148.8 RdRP, head domain
XP_057799926.1 Pfam PF24572 RBD_RDR6 Domain 11 108 1.7e-28 99.7 RNA-dependent RNA polymerase 6, RNA-binding domain
XP_057799926.1 Pfam PF24577 RDR6_2nd Domain 129 292 1.3e-80 269.6 RNA-dependent RNA polymerase 6 second domain
XP_057799926.1 Pfam PF26252 RdRP_helical Domain 318 402 2.3e-20 73.2 RNA dependent RNA polymerase, helical domain
XP_057799926.1 Pfam PF05183 RdRP Family 418 999 3.4e-188 627.7 RNA dependent RNA polymerase
XP_057799926.1 Pfam PF26253 RdRP_head Domain 1020 1177 2e-43 148.8 RdRP, head domain
XP_057799927.1 Pfam PF24572 RBD_RDR6 Domain 11 108 1.7e-28 99.7 RNA-dependent RNA polymerase 6, RNA-binding domain
XP_057799927.1 Pfam PF24577 RDR6_2nd Domain 129 292 1.3e-80 269.6 RNA-dependent RNA polymerase 6 second domain
XP_057799927.1 Pfam PF26252 RdRP_helical Domain 318 402 2.3e-20 73.2 RNA dependent RNA polymerase, helical domain
XP_057799927.1 Pfam PF05183 RdRP Family 418 999 3.4e-188 627.7 RNA dependent RNA polymerase
XP_057799927.1 Pfam PF26253 RdRP_head Domain 1020 1177 2e-43 148.8 RdRP, head domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943943.1
CCCCCCCCCCCCCCCAACCCCAACTAGTAGAGGGAAAAAAAGGCGATTGATTCAAAAAAGGGAATTGCTTCACTCATTGAAAGAGTTCTCTCTCTCTCTCTCACTTTTCACTCCTCCAATCAACGCACACACTGTGAGAAAACGACGCTGATCAGCGATAAGGTGCTTACTTCCGGAATCTAGATACGTTTGATCTGTCAGAAAAGATTTAAGTAATTGACTCAAACTCTGGAGGCTCGCTACAGTATATTGCTACTTGT...
XM_057943942.1
AAAAAAGGGAATTGCTTCACTCATTGAAAGAGTTCTCTCTCTCTCTCTCACTTTTCACTCCTCCAATCAACGCACACACTGTGAGAAAACGACGCTGATCAGCGATAAGGTAACTGAGGTGCTTACTTCCGGAATCTAGATACGTTTGATCTGTCAGAAAAGATTTAAGTAATTGACTCAAACTCTGGAGGCTCGCTACAGTATATTGCTACTTGTTTATTATTGACTGTACTGGACTACAGATCAATTTGATTAGATTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015535
ATGGGACAGGTGGGCGATAATGACATGATTGTCACTCAAATTAGCGTTGGAGGGCTTGAGGGTTATGTCACAGCTAAGCTGCTTTCAGACTACCTTGAAGACAATGTTGGACTTGTCTGGAGGTGTCGAGTGAAGACCTCCTCCACTCCCCAGGACTCGTATCCAAATTACGAGATAGACACTGAGAATGTGCAGAGAAAAGGTGAATATGAGAAGGTTGAACCACATGCTTTTGTGCATTTCGCAGTTGCACAGTCATC...
LOC131015535
ATGGGACAGGTGGGCGATAATGACATGATTGTCACTCAAATTAGCGTTGGAGGGCTTGAGGGTTATGTCACAGCTAAGCTGCTTTCAGACTACCTTGAAGACAATGTTGGACTTGTCTGGAGGTGTCGAGTGAAGACCTCCTCCACTCCCCAGGACTCGTATCCAAATTACGAGATAGACACTGAGAATGTGCAGAGAAAAGGTGAATATGAGAAGGTTGAACCACATGCTTTTGTGCATTTCGCAGTTGCACAGTCATC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057799925.1
MGQVGDNDMIVTQISVGGLEGYVTAKLLSDYLEDNVGLVWRCRVKTSSTPQDSYPNYEIDTENVQRKGEYEKVEPHAFVHFAVAQSSASAMKLSGAGDLVLGRHILKVGLGPQNPYRLRERRRTTTPYKVPGVTVEIGAMKSRDEFVVGWRGPRTGLDFLVDPFNGTCQILFTKDTAFSIKGEARPAVIKCNFKMEFVPREINQIKRYKDFSSVVVLFQLASSPLLYYRTADDDIEESVPFDLLDDDDPWIRTTDFVPSG...
XP_057799926.1
MGQVGDNDMIVTQISVGGLEGYVTAKLLSDYLEDNVGLVWRCRVKTSSTPQDSYPNYEIDTENVQRKGEYEKVEPHAFVHFAVAQSSASAMKLSGAGDLVLGRHILKVGLGPQNPYRLRERRRTTTPYKVPGVTVEIGAMKSRDEFVVGWRGPRTGLDFLVDPFNGTCQILFTKDTAFSIKGEARPAVIKCNFKMEFVPREINQIKRYKDFSSVVVLFQLASSPLLYYRTADDDIEESVPFDLLDDDDPWIRTTDFVPSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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