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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004732

染色体: Chr03 坐标: 64481835-64483162 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004732
名称SmilChr03G004732
描述uncharacterized SmilChr03G004732
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64481835 - 64483162 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015582
GeneID131015582
locus_tag-
NCBI NameLOC131015582
原始查询SmilChr03G004732

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015582

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799999.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057799999.1
3 Nucleolus 核仁 0.40000 XP_057799999.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057799999.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64482005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr3:64482114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr3:64482500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,B58,B69,C12,C81
Chr3:64482630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:64482652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr3:64482744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B76
Chr3:64482786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr3:64482820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C82
Chr3:64482857 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 38 A25,B100,B104,B11,B111,B112,B118,B135,B138,B19,B22,B35,B37,B38,B39,B41,B49,B50,B58,B78,B84,B85,B88,B90,B92,B97,C13,C17,C28,C3,C30,C35,C38,C40,C44,C51,C74,D3
Chr3:64482859 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 37 A25,B100,B104,B11,B111,B118,B135,B138,B19,B22,B35,B37,B38,B39,B41,B49,B50,B58,B78,B84,B85,B88,B90,B92,B97,C13,C17,C28,C3,C30,C35,C38,C40,C44,C51,C74,D3
Chr3:64482907 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 87 A1,A15,A18,A23,A5,A6,A7,A9,B10,B103,B106,B109,B11,B111,B113,B115,B119,B12,B120,B126,B127,B129,B130,B133,B137,B138,B139,B18,B23,B29,B3,B34,B4,B42,B43,B48,B57,B6,B62,B66,B70,B71,B73,B75,B77,B81,B83,B91,B93,B95,C10,C15,C16,C18,C19,C22,C25,C26,C32,C33,C40,C41,C43,C47,C5,C52,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C68,C7,C70,C77,C78,C80,C82,C85,C87,C9,D11,D3,D5
Chr3:64482910 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 87 A1,A15,A18,A23,A5,A6,A7,A9,B10,B103,B106,B109,B11,B111,B113,B115,B119,B12,B120,B126,B127,B129,B130,B133,B137,B138,B139,B18,B23,B29,B3,B34,B4,B42,B43,B48,B57,B6,B62,B66,B70,B71,B73,B75,B77,B81,B83,B91,B93,B95,C10,C15,C16,C18,C19,C22,C25,C26,C32,C33,C40,C41,C43,C47,C5,C52,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C68,C7,C70,C77,C78,C80,C82,C85,C87,C9,D11,D3,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944016.1
ATGGAAATGTTTAATTTATTTACTACTAGAATCTTCGGGAGAAGTAAAGAGAAAAAGTAGAGAACTCTAAAACCCTAGCTCCATAAAACCCCCAAATTGGAATCCACTAGGGTTTTACATCACATTCGTGTATATATTTACCCACTGTATAATGTATATACAGTCAATTTCCAGAAAATCTATGCCAATTTCCATGGAGGCTGAAACTGCGGTGGCGTTCCTCACTCAGAGGCTCTCTAGCTTCGCGATTGAGGCTTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015582
ATGTATATACAGTCAATTTCCAGAAAATCTATGCCAATTTCCATGGAGGCTGAAACTGCGGTGGCGTTCCTCACTCAGAGGCTCTCTAGCTTCGCGATTGAGGCTTTTGTGGTTCAATTTTCCACCTGCTTTCTTTCCACGATAGGAGCTGTAGCAAATGCAGCTGAAGCATTCACCAGAGCGCCAACAGTGTTGGATAGGCTTTTGATGGCTGAGCTCGGCATGAAGAAGCAGTCCGAGCCCGAGAATCAAGAAGCCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799999.1
MYIQSISRKSMPISMEAETAVAFLTQRLSSFAIEAFVVQFSTCFLSTIGAVANAAEAFTRAPTVLDRLLMAELGMKKQSEPENQEASEDEDDEDKDEDDEQDEDAGGEEDEGDDQGDDEEDPEDIPEANGGGAASGDEEEEEDNDEEEEDDEDDDDDDDEEEEVEEEEEEEEEEEEETPQPPAKRRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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