Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004739`

染色体: Chr03 坐标: 64527661-64529468 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004739`
名称	SmilChr03G004739
描述	40S ribosomal protein S11-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	64527661 - 64529468 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015586`
GeneID	`131015586`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015586`
原始查询	`SmilChr03G004739`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S11-like
产物	40S ribosomal protein S11-like
Arabidopsis	`AT5G23740` (RPS11-BETA) ribosomal protein S11-beta [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832439] identity=87.4; qcov=1; evalue=1.49e-94; confidence=high
Rice	`Os04g0502300` - identity=89.3; qcov=1; evalue=1.05e-92; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00366 (Ribosomal_S17); PF16205 (Ribosomal_S17_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015586

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800000.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057800001.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800000.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800000.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800000.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:64528188`	`C`	`CT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	1	B33
`Chr3:64528188`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64528852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr3:64529248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800000.1

164 aa

164

Ribosomal_S17_N

Ribosomal_S17

PF16205 Ribosomal_S17_N 4-72 aa PF00366 Ribosomal_S17 74-130 aa

XP_057800001.1

159 aa

159

Ribosomal_S17_N

Ribosomal_S17

PF16205 Ribosomal_S17_N 4-72 aa PF00366 Ribosomal_S17 74-142 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800000.1`	Pfam	`PF16205`	Ribosomal_S17_N	Family	4	72	8.7e-31	106.9	Ribosomal_S17 N-terminal
`XP_057800000.1`	Pfam	`PF00366`	Ribosomal_S17	Domain	74	130	3.3e-19	69.5	Ribosomal protein S17
`XP_057800001.1`	Pfam	`PF16205`	Ribosomal_S17_N	Family	4	72	7.7e-31	107.1	Ribosomal_S17 N-terminal
`XP_057800001.1`	Pfam	`PF00366`	Ribosomal_S17	Domain	74	142	4.3e-27	94.7	Ribosomal protein S17

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944018.1
AAAAAACTTGAATTGGGCTTTATTTATAGGCCCGAGTGGAAATAGACCCAATTAGGAATCCAGGCACGATGTTGAAAGTATAAATAACCAAATCCAGTTTCGCAGCTTCACTCTCAGCTGCTGCGGACTAGGGTTTTTGCTGCTACCGCCCTCCACACACACGCACACACACACTTTGATAGCGCGCAGCCATGGCGGAACAGACCGAGAAGGCTTTTTTGAAGCAGCCTAAGGTGTTTCTTTGCTCGAAGAAGACAGGG...

XM_057944017.1
GAAATAGACCCAATTAGGAATCCAGGCACGATGTTGAAAGTATAAATAACCAAATCCAGTTTCGCAGCTTCACTCTCAGCTGCTGCGGACTAGGGTTTTTGCTGCTACCGCCCTCCACACACACGCACACACACACTTTGATAGCGCGCAGCCATGGCGGAACAGACCGAGAAGGCTTTTTTGAAGCAGCCTAAGGTGTTTCTTTGCTCGAAGAAGACAGGGAAGGGTAAGGCCCCAGGAAAGGGTGGGAACCGCTACTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131015586
ATGGCGGAACAGACCGAGAAGGCTTTTTTGAAGCAGCCTAAGGTGTTTCTTTGCTCGAAGAAGACAGGGAAGGGTAAGGCCCCAGGAAAGGGTGGGAACCGCTACTTTAAGAGCATTGGGCTCGGATTCAAAACACCCCGCGAGGCTTCTGAAGGCACATACATTGACAAGAAGTGCCCCTTCACTGGTGATGTATCCATCAGAGGTCGTATCCTTGCTGGAACTTGCCACAGTGCTAAGATGATGAGAACAATCATCGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057800000.1
MAEQTEKAFLKQPKVFLCSKKTGKGKAPGKGGNRYFKSIGLGFKTPREASEGTYIDKKCPFTGDVSIRGRILAGTCHSAKMMRTIIVRRNYLHWVKKYQRYEKRHSNIPAHISPCFRVREGDHVIIGQCRLVPYTHYQFLVLLGNLEHTVYEHCYFLAGRCPKP

XP_057800001.1
MAEQTEKAFLKQPKVFLCSKKTGKGKAPGKGGNRYFKSIGLGFKTPREASEGTYIDKKCPFTGDVSIRGRILAGTCHSAKMMRTIIVRRNYLHWVKKYQRYEKRHSNIPAHISPCFRVREGDHVIIGQCRPLSKTVRFNVLKVIPAGSSGLGKKAFTGM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器