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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004743`

染色体: Chr03 坐标: 64548949-64551986 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004743`
名称	SmilChr03G004743
描述	homeobox protein knotted-1-like 3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	64548949 - 64551986 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015588`
GeneID	`131015588`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015588`
原始查询	`SmilChr03G004743`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	homeobox protein knotted-1-like 3
产物	homeobox protein knotted-1-like 3
Arabidopsis	`AT5G25220` (KNAT3) homeobox protein knotted-1-like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832593] identity=69.2; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0182800` (HOS58) - identity=72.7; qcov=0.744; evalue=5.82e-141; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00046 (Homeodomain); PF03789 (ELK); PF03790 (KNOX1); PF03791 (KNOX2); PF05920 (Homeobox_KN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015588

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800005.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800005.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800005.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800005.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057800005.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:64550077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B19,B52,C79
`Chr3:64550258`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B89
`Chr3:64550309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:64550560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64550593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64550623`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B33
`Chr3:64550623`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64550627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64550657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B14,B87,C77
`Chr3:64550758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B33
`Chr3:64550758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64550770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800005.1

394 aa

197

394

KNOX1

KNOX2

ELK

Homeobox_KN

Homeodomain

PF03790 KNOX1 128-169 aa PF03791 KNOX2 184-233 aa PF03789 ELK 293-314 aa PF05920 Homeobox_KN 333-372 aa PF00046 Homeodomain 339-372 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800005.1`	Pfam	`PF03790`	KNOX1	Family	128	169	1.8e-19	69.9	KNOX1 domain
`XP_057800005.1`	Pfam	`PF03791`	KNOX2	Family	184	233	3.2e-18	65.7	KNOX2 domain
`XP_057800005.1`	Pfam	`PF03789`	ELK	Family	293	314	1.2e-06	29.0	ELK domain
`XP_057800005.1`	Pfam	`PF05920`	Homeobox_KN	Family	333	372	4.2e-19	68.8	Homeobox KN domain
`XP_057800005.1`	Pfam	`PF00046`	Homeodomain	Domain	339	372	2e-05	25.0	Homeodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944022.1
TATCCACCTGCACAAGCAACCTATAGCTTGTTGCAATATATATACAATCGATGTCTATGTATGGCATACGTTACAATAGTTGAATTGAAGGGGTAGGTAATAGAAATATAGAATCAAACAAAAAGTGAAAAAGATGAGTAGAAAACATGGGCCGTGGTGAAAAAAAAAGAGAGAATTTTTACCTATAGAGTAGGCGGACCACACATGAACATATGTAATCCATTGGAGCCGCCGGAGACGGACCACGATCCAACACATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015588
ATGGCGTTTCCCAACCATTTATCGCAAGAAATGGCTCTCCAGCATTTCGGCGACGATCACTTGCCGGATAATTCATCAGTTCTCCGGAATATCCTCCCCGACGGGAAGCCGACCGACCACCACCAGCGGCCGCCGACCTGGCTCAACAGCGCAATCCTTCGGCAGCCTAATCACGCCAATTTCCTGAATCTACACACCAACTCCGGCTCATCCTCGCCGGCTTCCAACAATCAGTGGCTTTCCCGCTCGATTCTGCAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800005.1
MAFPNHLSQEMALQHFGDDHLPDNSSVLRNILPDGKPTDHHQRPPTWLNSAILRQPNHANFLNLHTNSGSSSPASNNQWLSRSILQRNNNVSEVSGDSMMESAAAEYNNSSRSESGVEGVVNWQNGRYKAEILSHPLYEQLLSAHVACLRIATPVDQLPRIDAQLAQSQQVVHKYSALGHANLADDKELDQFMTHYVLLLCSFKDQLQQHVRVHAMEAVMACWEIEQSLQSLTGVSPGEGTGATMSDDEDEQVDSDANCL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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