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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004753

染色体: Chr03 坐标: 64606482-64623780 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004753
名称SmilChr03G004753
描述uncharacterized SmilChr03G004753
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64606482 - 64623780 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015602
GeneID131015602
locus_tag-
NCBI NameLOC131015602
原始查询SmilChr03G004753

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]; symbol=AT4G38120; hit=AT4G38120; species=arabidopsis; confidence=high
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]; symbol=AT4G38120; hit=AT4G38120; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G38120 (AT4G38120)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]
identity=47.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0152900
-
identity=44.8; qcov=0.89; evalue=6.63e-150; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF13251 (DUF4042)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015602

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800025.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800028.1
3 Autophagosome Autophagosome 0.20000 XP_057800017.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057800025.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057800027.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64609700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:64610557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr3:64611100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C86
Chr3:64612385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr3:64614991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B140,C62
Chr3:64615010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:64615020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,C2,C23
Chr3:64615413 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B93
Chr3:64615413 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B93
Chr3:64616802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C84
Chr3:64617075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C5
Chr3:64619173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800017.1
801 aa
N
1
400
801
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
XP_057800018.1
801 aa
N
1
400
801
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
XP_057800019.1
801 aa
N
1
400
801
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
XP_057800020.1
801 aa
N
1
400
801
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
XP_057800021.1
801 aa
N
1
400
801
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
XP_057800022.1
798 aa
N
1
399
798
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
XP_057800023.1
796 aa
N
1
398
796
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
XP_057800024.1
796 aa
N
1
398
796
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
XP_057800025.1
728 aa
N
1
364
728
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 2-118 aa
XP_057800026.1
700 aa
N
1
350
700
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 17-90 aa
XP_057800027.1
682 aa
N
1
341
682
DUF4042
C
PF13251 DUF4042 12-191 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800017.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 2.1e-45 155.4 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800018.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 2.1e-45 155.4 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800019.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 2.1e-45 155.4 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800020.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 2.1e-45 155.4 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800021.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 2.1e-45 155.4 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800022.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 2.2e-45 155.3 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800023.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 2.1e-45 155.4 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800024.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 2.1e-45 155.4 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800025.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 2 118 5.6e-23 82.3 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800026.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 17 90 5e-12 46.6 Domain of unknown function (DUF4042)
XP_057800027.1 Pfam PF13251 DUF4042 Repeat 12 191 3.4e-45 154.7 Domain of unknown function (DUF4042)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944038.1
AATTATTTAGTTCTCACGAAATGAAAATGTAAGGCAATGTTAAATAACGGAAATCGACTTTCGATGTCGTCGTCGGCGGTGAGGTCATGGAGAACGGCGTTCCTGACCTTGAGGGACGAAAACTCGGCGTCGCCTCCTCGCGCCACCGTCATCCGCCTCTTTGACAATCTAATTTTATCCCAATCCGAATCTCTCGTCGCTGCTGCGCCGCAGTTGCCTCGGCACGAGCTTACATCCGACTTGATGCTATTACTGGAGTT...
XM_057944034.1
AATTATTTAGTTCTCACGAAATGAAAATGTAAGGCAATGTTAAATAACGGAAATCGACTTTCGATGTCGTCGTCGGCGGTGAGGTCATGGAGAACGGCGTTCCTGACCTTGAGGGACGAAAACTCGGCGTCGCCTCCTCGCGCCACCGTCATCCGCCTCTTTGACAATCTAATTTTATCCCAATCCGAATCTCTCGTCGCTGCTGCGCCGCAGTTGCCTCGGCACGAGCTTACATCCGACTTGATGCTATTACTGGAGTT...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC131015602
ATGGATAACAGCAAAGCATATTTAACTGAGGCGAGATTAGCAGCAATTATTTGTATTCAGGATCTCTGTCGAGCTGATCCCAAATTGTTTACAGCCCAATGGACAATGCTTTTGCCATCCAATGATGTGCTGCAACACAGGAAATATGACACTACTCTGATGAGTTGCTTTCTTTCCGACCCTTCGTTGAAGGTCCGGATTGCAGCTGCTTCTACTATTATGGCAATGTTGGATGGCCCTGCTTCTATTTCCTTACAGGT...
LOC131015602
ATGGATAACAGCAAAGCATATTTAACTGAGGCGAGATTAGCAGCAATTATTTGTATTCAGGATCTCTGTCGAGCTGATCCCAAATTGTTTACAGCCCAATGGACAATGCTTTTGCCATCCAATGATGTGCTGCAACACAGGAAATATGACACTACTCTGATGAGTTGCTTTCTTTCCGACCCTTCGTTGAAGGTCCGGATTGCAGCTGCTTCTACTATTATGGCAATGTTGGATGGCCCTGCTTCTATTTCCTTACAGGT...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057800017.1
MDNSKAYLTEARLAAIICIQDLCRADPKLFTAQWTMLLPSNDVLQHRKYDTTLMSCFLSDPSLKVRIAAASTIMAMLDGPASISLQVAELKEHSKHGSFTTLSSSLGHILMQLHSGTLSLINHETSGRLLALSFKILMLLIASTPYSRMPPELLCRVISSLQSTIEEGFPYHNDRNSLLAAAIICLTRALSVSASSCVNNMLLGEVSTGCHLEGQKSGVLYTLFRYSERLSNLSISLEALQALKSLSHNYPNVITLCWEH...
XP_057800018.1
MDNSKAYLTEARLAAIICIQDLCRADPKLFTAQWTMLLPSNDVLQHRKYDTTLMSCFLSDPSLKVRIAAASTIMAMLDGPASISLQVAELKEHSKHGSFTTLSSSLGHILMQLHSGTLSLINHETSGRLLALSFKILMLLIASTPYSRMPPELLCRVISSLQSTIEEGFPYHNDRNSLLAAAIICLTRALSVSASSCVNNMLLGEVSTGCHLEGQKSGVLYTLFRYSERLSNLSISLEALQALKSLSHNYPNVITLCWEH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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