Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000001`

染色体: Chr04 坐标: 45843-49713 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000001`
名称	SmilChr04G000001
描述	probable WRKY transcription factor 12
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	45843 - 49713 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023722`
GeneID	`131023722`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023722`
原始查询	`SmilChr04G000001`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable WRKY transcription factor 12
产物	probable WRKY transcription factor 12
Arabidopsis	`AT2G44745` (WRKY12) WRKY family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819083] identity=56.4; qcov=1.06; evalue=5.44e-68; confidence=high
Rice	`Os04g0545000` (OsWRKY36) - identity=81.9; qcov=0.495; evalue=1.57e-57; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03106 (WRKY)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023722

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809263.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809263.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809263.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809263.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809263.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:48525`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C57,C83
`Chr4:48993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr4:48999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr4:49155`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr4:49253`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A18,B133,B28,C85
`Chr4:49253`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A18,B133,B28,C85
`Chr4:49312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:49346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809263.1

215 aa

108

215

WRKY

PF03106 WRKY 144-200 aa

XP_057809264.1

214 aa

107

214

WRKY

PF03106 WRKY 144-199 aa

XP_057809265.1

213 aa

106

213

WRKY

PF03106 WRKY 142-198 aa

XP_057809266.1

212 aa

106

212

WRKY

PF03106 WRKY 142-197 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809263.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	144	200	7.4e-26	90.9	WRKY DNA -binding domain
`XP_057809264.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	144	199	1.3e-22	80.5	WRKY DNA -binding domain
`XP_057809265.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	142	198	7.3e-26	90.9	WRKY DNA -binding domain
`XP_057809266.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	142	197	1.3e-22	80.5	WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953283.1
GATCAGAGAGAGAAGGGTGTGAGGCAGTGCTTCTTTATTTGTAGAATCCGGACAACCTAAGTAGAAGAAACACGATCATGTATAATCTTGAAATTTCATGCCACAATATTCCATATCCAGCGTTTACTAGTTGACCCAACAATACAAAACCACTCAAATTATTATTTATATACTGTTTTAAACAATTAAAATTCAAGAAACATAAATATAGAGAGTCGCCCAGCCCCCACACATATTTGCAGTACATCCACTACTATAGA...

XM_057953281.1
GATCAGAGAGAGAAGGGTGTGAGGCAGTGCTTCTTTATTTGTAGAATCCGGACAACCTAAGTAGAAGAAACACGATCATGTATAATCTTGAAATTTCATGCCACAATATTCCATATCCAGCGTTTACTAGTTGACCCAACAATACAAAACCACTCAAATTATTATTTATATACTGTTTTAAACAATTAAAATTCAAGAAACATAAATATAGAGAGTCGCCCAGCCCCCACACATATTTGCAGTACATCCACTACTATAGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131023722
ATGGAAGGGGAAAGAGGGTTGGCTCCCATTTATGATGATCATCATCATCTGCAGATTTCCTTCAGCGCTCCTCCTCATCATCAAGACCAAGAAATGGGGTTTGTGCAGTTCGAAGATCATAATCCGGTGTTGAGCTTTCTGGTGGCGCCGCCGCAGATGGCCGCCAAGGCAACCACCGCCACCAATAATAATTGTTCCTTAGGGTTCAATCATGCTGAGCTTGCAGTGAATAGACCCTCATGGAATAACGACCAGGTGGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057809263.1
MEGERGLAPIYDDHHHLQISFSAPPHHQDQEMGFVQFEDHNPVLSFLVAPPQMAAKATTATNNNCSLGFNHAELAVNRPSWNNDQVEVVDPKVVNDENCSGNANDGGNSWWRSCSSDKNKVKIRRKLREPRFCFQTRSDVDVLDDGYKWRKYGQKVVKNSLHPRSYYRCTHNNCRVKKRVERLSEDCRMVITTYEGRHNHSPSDDSNSSDCYNSF

XP_057809264.1
MEGERGLAPIYDDHHHLQISFSAPPHHQDQEMGFVQFEDHNPVLSFLVAPPQMAAKATTATNNNCSLGFNHAELAVNRPSWNNDQVEVVDPKVVNDENCSGNANDGGNSWWRSCSSDKNKVKIRRKLREPRFCFQTRSDVDVLDDGYKWRKYGQKVVKNSLHPSYYRCTHNNCRVKKRVERLSEDCRMVITTYEGRHNHSPSDDSNSSDCYNSF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器