当前解析结果
SmilChr04G000016| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000016 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000016 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 220086 - 220829 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022827 |
|---|---|
| GeneID | 131022827 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022827 |
| 原始查询 | SmilChr04G000016 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 1-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor 1-like |
| Arabidopsis | AT2G44840 (ERF13)ethylene-responsive element binding factor 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819093] identity=72.7; qcov=0.443; evalue=3.76e-38; confidence=low |
| Rice | Os04g0547600 (OsERF#094)- identity=65.2; qcov=0.397; evalue=1.83e-28; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022827 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808338.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808338.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808338.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808338.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057808338.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:220288 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B62,C35 |
Chr4:220331 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B113,C51 |
Chr4:220331 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,C51 |
Chr4:220347 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr4:220384 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,C39 |
Chr4:220524 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr4:220602 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:220624 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,C51 |
Chr4:220634 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B118,B42,B70,B91,C29,C35,C43,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808338.1PF00847
AP2 81-132 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808338.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 81 | 132 | 4.1e-16 | 59.7 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。