Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000021

染色体: Chr04 坐标: 253223-254032 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000021
名称SmilChr04G000021
描述ethylene-responsive transcription factor 13-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向253223 - 254032 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022832
GeneID131022832
locus_tag-
NCBI NameLOC131022832
原始查询SmilChr04G000021

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor 13-like
产物ethylene-responsive transcription factor 13-like
ArabidopsisAT2G44840 (ERF13)
ethylene-responsive element binding factor 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819093]
identity=62.4; qcov=0.538; evalue=1.78e-34; confidence=medium
RiceOs02g0655200 (ERF95)
-
identity=62.5; qcov=0.416; evalue=1.19e-26; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808343.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808343.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808343.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808343.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808343.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:253537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr4:253691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C8
Chr4:253731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C8
Chr4:253762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B126,C5,D1
Chr4:253786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B70,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808343.1
173 aa
N
1
86
173
AP2
C
PF00847 AP2 73-123 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808343.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 73 123 7e-14 52.6 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952360.1
TGCTGCACTATATATAATTGAGTGGAGAGCAAGAGCTAATAAGATCAATCAGAAAAGAAAGAAAAATGCAAGCAAACACAATCTCAAATCCTGATGTAATCCTGTTCGATTCAATACAAAGTTTTCTCTTAAACGATTCTGATTTTCCACATGAATTTTGCAACAATAGCCCCACTCCGACCTCGACGAGCAGCTCCTGTTGGCCACAGAGCTGCGGAGATGATGCAGCGATCGTCGGCGAGGGCGCGGAGCGGAGTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022832
ATGCAAGCAAACACAATCTCAAATCCTGATGTAATCCTGTTCGATTCAATACAAAGTTTTCTCTTAAACGATTCTGATTTTCCACATGAATTTTGCAACAATAGCCCCACTCCGACCTCGACGAGCAGCTCCTGTTGGCCACAGAGCTGCGGAGATGATGCAGCGATCGTCGGCGAGGGCGCGGAGCGGAGTCCCCACGCGCCGGCGGAGTGGAGGCGGTACCGGGGCGTGAGGCGGCGGCCGTGGGGGAAGTTCGCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808343.1
MQANTISNPDVILFDSIQSFLLNDSDFPHEFCNNSPTPTSTSSSCWPQSCGDDAAIVGEGAERSPHAPAEWRRYRGVRRRPWGKFAAEMRHPDRRGGRIWLGTYETAEDAALAYDQAAYELRGARARINFPHLIGSSAARKPVRVTKQRRPPASSSSLAGEIRAKLEGAAKCY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器