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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000041

染色体: Chr04 坐标: 397358-409773 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000041
名称SmilChr04G000041
描述E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向397358 - 409773 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022855
GeneID131022855
locus_tag-
NCBI NameLOC131022855
原始查询SmilChr04G000041

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 1
产物E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 1
ArabidopsisAT2G44950 (HUB1)
histone mono-ubiquitination 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819104]
identity=50.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0550400 (OsHUB1)
-
identity=44.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0010390 (GO:0010390); GO:0033503 (HULC complex); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity); GO:0071894 (GO:0071894)
KEGG-
PfamPF00097 (zf-C3HC4); PF13920 (zf-C3HC4_3); PF13923 (zf-C3HC4_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808383.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057808383.1
3 Centromere 着丝粒 0.20000 XP_057808383.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057808383.1
5 Spindle Spindle 0.20000 XP_057808383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:398569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr4:398589 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B74,B77
Chr4:398589 C CG 1bp_insertion CDS_variant 2 B74,B77
Chr4:398682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:398872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,B89,C21,C80
Chr4:398983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr4:401006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr4:403308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr4:403310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr4:403435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr4:403806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B80,C42,C45
Chr4:404294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808383.1
885 aa
N
1
442
885
zf-C3HC4_3
zf-C3HC4_2
zf-C3HC4
C
PF13920 zf-C3HC4_3 831-873 aa PF13923 zf-C3HC4_2 832-871 aa PF00097 zf-C3HC4 833-871 aa
XP_057808384.1
884 aa
N
1
442
884
zf-C3HC4_3
zf-C3HC4_2
zf-C3HC4
C
PF13920 zf-C3HC4_3 830-872 aa PF13923 zf-C3HC4_2 831-870 aa PF00097 zf-C3HC4 832-870 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808383.1 Pfam PF13920 zf-C3HC4_3 Domain 831 873 1.3e-08 35.2 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057808383.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 832 871 6.3e-08 33.0 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057808383.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 833 871 1.6e-09 38.1 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057808384.1 Pfam PF13920 zf-C3HC4_3 Domain 830 872 1.3e-08 35.2 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057808384.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 831 870 6.2e-08 33.0 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057808384.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 832 870 1.6e-09 38.1 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952401.1
CCCCTCTAATCATATTAAGCAGTTTTCACTTTCTCTCTCTTCTCCCCCACATTGGTGATGTTCAGAGGTTCTGTGTGAGTGTGTAAAATTTTCACCCTTTCTCTCAGTGAATTCCTTCACATGCCGAAAGAGGCTAAAAATTGAATTCAAGATAAAGAAGAATAAGGTAAAAGAAAACCGTGTGTTCTGTTAATTGCTGATTGAAGCTTAGCAATCGCAGGTTTCTCTCTGGCCTAGGGTTCGGCTGGAATTGGAGCAAA...
XM_057952400.1
CCCCTCTAATCATATTAAGCAGTTTTCACTTTCTCTCTCTTCTCCCCCACATTGGTGATGTTCAGAGGTTCTGTGTGAGTGTGTAAAATTTTCACCCTTTCTCTCAGTGAATTCCTTCACATGCCGAAAGAGGCTAAAAATTGAATTCAAGATAAAGAAGAATAAGGTAAAAGAAAACCGTGTGTTCTGTTAATTGCTGATTGAAGCTTAGCAATCGCAGGTTTCTCTCTGGCCTAGGGTTCGGCTGGAATTGGAGCAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022855
ATGGGTAGTACAGGCGAAGCTGACAAGAAAAGGCGTCATGTTAGCTCCATATCGCCCACTGCCGCCACGGCCAAGAAGCATCCTCTTGCGGCGCTATCTGAGGAGAAAAAGCTTGATGCAGCAGTGCTTCAATTTCAAAATCAAAAACTCCTACAGAAGTTGGAAACTCAGAAGGTTGAGATTAATGCCCTTGAGGACAGATTGTGTCAGTTGAGGGATAAACAACATTCATATAAGAAAACTTTAGCTGAGGTCGATAA...
LOC131022855
ATGGGTAGTACAGGCGAAGCTGACAAGAAAAGGCGTCATGTTAGCTCCATATCGCCCACTGCCGCCACGGCCAAGAAGCATCCTCTTGCGGCGCTATCTGAGGAGAAAAAGCTTGATGCAGCAGTGCTTCAATTTCAAAATCAAAAACTCCTACAGAAGTTGGAAACTCAGAAGGTTGAGATTAATGCCCTTGAGGACAGATTGTGTCAGTTGAGGGATAAACAACATTCATATAAGAAAACTTTAGCTGAGGTCGATAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808383.1
MGSTGEADKKRRHVSSISPTAATAKKHPLAALSEEKKLDAAVLQFQNQKLLQKLETQKVEINALEDRLCQLRDKQHSYKKTLAEVDNAWKQLVDHLESHSNCTLENTKDVRGFGRHLAKEDCDSPPEDALLSRLLETGATESSSASTLMNPTEKDRKIDGENREMTEKLETILKNIVASFDDLNNLKGILYTASLKALSSNGQSQKAVFPDLLTEVRNLRMATLKLHLKHKPLSGELQRHRDTDAKNKADLKRLKGELES...
XP_057808384.1
MGSTGEADKKRRHVSSISPTAATAKKHPLAALSEEKKLDAAVLQFQNQKLLQKLETQKVEINALEDRLCQLRDKQHSYKKTLAEVDNAWKQLVDHLESHSNCTLENTKDVRGFGRHLAKEDCDSPPEDALLSRLLETGATESSSASTLMNPTEKDRKIDGENREMTEKLETILKNIVASFDDLNNLKGILYTASLKALSSNGQSQKAVFPDLLTEVRNLRMATLKLHLKHKPLSGELQRHRDTDAKNKADLKRLKGELES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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