Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000043

染色体: Chr04 坐标: 412836-414785 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000043
名称SmilChr04G000043
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向412836 - 414785 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022857
GeneID131022857
locus_tag-
NCBI NameLOC131022857
原始查询SmilChr04G000043

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G20710 (AT2G20710)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816599]
identity=37.6; qcov=0.875; evalue=1.32e-73; confidence=medium
RiceOs10g0501200 (PPR9)
-
identity=30.8; qcov=0.94; evalue=7.38e-50; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022857

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057808386.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808386.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808386.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808386.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808386.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:413498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B83,B90,B92,C34,C87
Chr4:413530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr4:413850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr4:413933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B18,D4
Chr4:414004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr4:414209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr4:414233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B48,B98,C26
Chr4:414305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr4:414398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B44,B75
Chr4:414403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B89,C38
Chr4:414442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B89,C38
Chr4:414458 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B120

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808386.1
493 aa
N
1
246
493
PPR
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 135-159 aa PF01535 PPR 170-198 aa PF01535 PPR 310-335 aa PF01535 PPR 347-368 aa
XP_057808387.1
401 aa
N
1
200
401
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 43-67 aa PF01535 PPR 78-106 aa PF13812 PPR_3 78-120 aa PF01535 PPR 218-243 aa PF01535 PPR 255-276 aa PF01535 PPR 288-307 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808386.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 135 159 5.8e-16 58.3 PPR repeat
XP_057808386.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 170 198 5.8e-16 58.3 PPR repeat
XP_057808386.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 310 335 5.8e-16 58.3 PPR repeat
XP_057808386.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 347 368 5.8e-16 58.3 PPR repeat
XP_057808387.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 43 67 1.1e-17 63.7 PPR repeat
XP_057808387.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 78 106 1.1e-17 63.7 PPR repeat
XP_057808387.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 78 120 3.1e-09 37.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808387.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 218 243 1.1e-17 63.7 PPR repeat
XP_057808387.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 255 276 1.1e-17 63.7 PPR repeat
XP_057808387.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 288 307 1.1e-17 63.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952403.1
AGTGGAGTGAAAAGTGAGAGCATCAAAATGATGAAATTCCAATTCCTCCACAAATTTTCTGATTCGATCATCAAAAGGGGGATTCTGAGGGTTTCGTTGTATTCGAGTGAGAGATCGCCCAATCTGTACGAGAGGCTTCTCAAATGTCATCGCGAGAGGATTTCGGTGATTCCGGTTCTCGACGAATGGGTCGCTCAAGTTGGAGATATACGCCAGCAAACACTCGAACTGTTCATCAGAATGTTCAGAGCACGCCGTCG...
XM_057952404.1
GATGAAATTCCAATTCCTCCACAAATTTTCTGATTCGATCATCAAAAGGGGGATTCTGAGGGTTTCGTTGTATTCGAGTGAGAGATCGCCCAATCTGTACGAGAGGCTTCTCAAATGTCATCGCGAGAGGATTTCGGTGATTCCGGTTCTCGACGAATGGGTCGCTCAAGTTGGAGATATACGCCAGCAAACACTCGAACTGTTCATCAGAATGTTCAGAGCACGCCGTCGTTTCTGGCCTGCCCTTCATGAATCAGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022857
ATGATGAAATTCCAATTCCTCCACAAATTTTCTGATTCGATCATCAAAAGGGGGATTCTGAGGGTTTCGTTGTATTCGAGTGAGAGATCGCCCAATCTGTACGAGAGGCTTCTCAAATGTCATCGCGAGAGGATTTCGGTGATTCCGGTTCTCGACGAATGGGTCGCTCAAGTTGGAGATATACGCCAGCAAACACTCGAACTGTTCATCAGAATGTTCAGAGCACGCCGTCGTTTCTGGCCTGCCCTTCATATAATTGA...
LOC131022857
ATGAATCAGTTTGTAATGACCCCACAACTCGCTGCGGTTCACCTAGATCTATTGTTTAAGTTTTATGGCATAGAGCAAGCAGAGAAATATTTCAATGAACTCGACGACGTTTTACTGGATTATCCAGTTTATGTAGCTCTTTTGAACTGCTATGCCGAGGCGAAATACGTAGAGAAAGCAGAGGCAATCATGGGATATATTAGGAAGTTCAAGTCCCGCTCTACTCTGCCTTACAATGTAATGCTGAGTCTTTACAACAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808386.1
MMKFQFLHKFSDSIIKRGILRVSLYSSERSPNLYERLLKCHRERISVIPVLDEWVAQVGDIRQQTLELFIRMFRARRRFWPALHIIEWMNRSRNQFVMTPQLAAVHLDLLFKFYGIEQAEKYFNELDDVLLDYPVYVALLNCYAEAKYVEKAEAIMGYIRKFKSRSTLPYNVMLSLYNRKREHEKLEALTREMRDEGIVYNRNTYGILLKTYARCDVERMEKLLVRMEIDDWDYVDFDTYATAVKGYLEAGASEKAYALL...
XP_057808387.1
MNQFVMTPQLAAVHLDLLFKFYGIEQAEKYFNELDDVLLDYPVYVALLNCYAEAKYVEKAEAIMGYIRKFKSRSTLPYNVMLSLYNRKREHEKLEALTREMRDEGIVYNRNTYGILLKTYARCDVERMEKLLVRMEIDDWDYVDFDTYATAVKGYLEAGASEKAYALLRKAESLTGVHGRSSAYLTMINYYAAMQRKEDVYRVWNLLPDFAELSKNYYYTMISSLAKLDDLDGARKILEEWERTNAAASYIEMTNLVIRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器