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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000047

染色体: Chr04 坐标: 424179-434545 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000047
名称SmilChr04G000047
描述probable helicase CHR10
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向424179 - 434545 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022860
GeneID131022860
locus_tag-
NCBI NameLOC131022860
原始查询SmilChr04G000047

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable helicase CHR10
产物probable helicase CHR10
ArabidopsisAT2G44980 (ASG3)
SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819106]
identity=64; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0150300
-
identity=38.9; qcov=0.701; evalue=3.59e-114; confidence=medium
GOGO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006281 (DNA repair); GO:0006338 (chromatin remodeling); GO:0140658 (ATP-dependent chromatin remodeler activity)
KEGG-
PfamPF00176 (SNF2-rel_dom); PF00271 (Helicase_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022860

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808389.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808389.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808389.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808389.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808389.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:424342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr4:427222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B74,C28
Chr4:427229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B2,B60
Chr4:428283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:428498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C26
Chr4:428722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B71,C62
Chr4:428837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr4:428885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C38,C41
Chr4:429044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr4:430351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C38,C41
Chr4:430466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C28
Chr4:430677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808389.1
812 aa
N
1
406
812
SNF2-rel_dom
Helicase_C
C
PF00176 SNF2-rel_dom 1-281 aa PF00271 Helicase_C 302-423 aa
XP_057808390.1
882 aa
N
1
441
882
SNF2-rel_dom
Helicase_C
C
PF00176 SNF2-rel_dom 41-351 aa PF00271 Helicase_C 372-493 aa
XP_057808391.1
870 aa
N
1
435
870
SNF2-rel_dom
Helicase_C
C
PF00176 SNF2-rel_dom 41-346 aa PF00271 Helicase_C 367-488 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808389.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 1 281 1.4e-55 189.2 SNF2-related domain
XP_057808389.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 302 423 8.8e-21 74.9 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057808390.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 41 351 1.1e-58 199.4 SNF2-related domain
XP_057808390.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 372 493 1e-20 74.7 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057808391.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 41 346 6.4e-65 219.8 SNF2-related domain
XP_057808391.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 367 488 1e-20 74.7 Helicase conserved C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952407.1
CCAAAATTTAAAACCACCGCTCACCGCCATACCTCCCGCCACCGTTGCGTTGGAAGCATGGACTACAAGCAGAGGCTAATTTTGGCGGCGAAATGCGTGTACGACGGCGAGTTACGCGCCACCGGAGAATCGCGTGTCGATTCCTCGGATTTTGGAATCCAGGCGACACTCAAACCGCACCAAGTCGAAGGTGTGTCGTGGCTCATCCGCCGCTACCACCTCGGCGTCAACGTCATACTTGGTATTGCTAGCCTTTACCT...
XM_057952406.1
TGAGACTTCCTCTGGACATTCTTCAGTGAAAAATTGAGCAAACTATAACAATTTTCTTGTGCTAATGAATTTTCACTGTAGATGGGACTGGGAAAAACGTTGCAAGCTGTCACACTTTTGAGTTACCTGAAAGTATGCCTGAAGTTTTCTGGACCATTCCTGGTCTTGTGCCCTCTCAGTGTAACTGATGGTTGGGTCTCAGAAGTGGCGAATTTTGCTCCAAAGTTGAGATTGCTTCGTTATGTTGGGGATAAAGAATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131022860
ATGGACTACAAGCAGAGGCTAATTTTGGCGGCGAAATGCGTGTACGACGGCGAGTTACGCGCCACCGGAGAATCGCGTGTCGATTCCTCGGATTTTGGAATCCAGGCGACACTCAAACCGCACCAAGTCGAAGGTGTGTCGTGGCTCATCCGCCGCTACCACCTCGGCGTCAACGTCATACTTGGTATTGCTAGCCTTTACCTTTCTATGGGACTGGGAAAAACGTTGCAAGCTGTCACACTTTTGAGTTACCTGAAAGT...
LOC131022860
ATGGGACTGGGAAAAACGTTGCAAGCTGTCACACTTTTGAGTTACCTGAAAGTATGCCTGAAGTTTTCTGGACCATTCCTGGTCTTGTGCCCTCTCAGTGTAACTGATGGTTGGGTCTCAGAAGTGGCGAATTTTGCTCCAAAGTTGAGATTGCTTCGTTATGTTGGGGATAAAGAATATAGATGCAAATTGCGCAGGGAAATGAGTGAGTATGTAAAAGAAAGTTCATTCTCATCTCACGTTCCATCATTGCCGTTTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057808389.1
MGLGKTLQAVTLLSYLKVCLKFSGPFLVLCPLSVTDGWVSEVANFAPKLRLLRYVGDKEYRCKLRREMSEYVKESSFSSHVPSLPFDVLLTTYDIALIDQDFLSQFPWHYAIIDEAQRLKNPSSVLYTILRERFVIPRKLLLTGTPVQNNLTELWALMHFCMPLIFGTLEQFLSYFKEAGDPSCQGALKVKEQFEILKYVLGAFMLRRTKSALMESGTLMLPPVTEITVMAPLSPLQKKVYMSILRKELPKLLALASRGT...
XP_057808390.1
MDYKQRLILAAKCVYDGELRATGESRVDSSDFGIQATLKPHQVEGVSWLIRRYHLGVNVILGIASLYLSMGLGKTLQAVTLLSYLKVCLKFSGPFLVLCPLSVTDGWVSEVANFAPKLRLLRYVGDKEYRCKLRREMSEYVKESSFSSHVPSLPFDVLLTTYDIALIDQDFLSQFPWHYAIIDEAQRLKNPSSVLYTILRERFVIPRKLLLTGTPVQNNLTELWALMHFCMPLIFGTLEQFLSYFKEAGDPSSGQGALKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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