Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000070`

染色体: Chr04 坐标: 635105-640305 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000070`
名称	SmilChr04G000070
描述	transcription factor UNE10
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	635105 - 640305 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021998`
GeneID	`131021998`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021998`
原始查询	`SmilChr04G000070`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor UNE10
产物	transcription factor UNE10
Arabidopsis	`AT4G00050` (UNE10) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828175] identity=46.7; qcov=1.05; evalue=2.2e-86; confidence=high
Rice	`Os10g0556200` (OsbHLH113) - identity=37.2; qcov=1.12; evalue=6.26e-50; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00010 (HLH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021998

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807324.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807324.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807324.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807324.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807324.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:635484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr4:635486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr4:635743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr4:635754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr4:635825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr4:635841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:635895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr4:635907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr4:636038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B130,B137,C25,C36,D8
`Chr4:637139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr4:639503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B92,C87
`Chr4:639537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807324.1

416 aa

208

416

HLH

PF00010 HLH 251-296 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807324.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	251	296	6.9e-14	52.1	Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951341.1
TTATTTATTCAACCCACCCTTATTTTTTTCTCTCCTCATTCACTCACCGGCAGTTTGAAGCACCCCCTTTTTCCTCACAAAAGATCTCTTTCACAATTCAAATGATACAATAATTTTTCCTCCTATGGATCATGGACCATTCACTCTCTCTCAAATTATGCTTTGTTCTTATCTTTATGAATAGTTATTAGATCCCTTCTCAAAGAGCCCACACCCACATATATTGAACCCCAAAAAGAAAAGTGTTGCCTTTTCCAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021998
ATGAATCAATGTGTGCCGAGTTGGGATCTCGACGATAATAATTCCAAGATCAAGTCCAATTCACCTCAAGACGTCCCCTCGTTGGATTATGAAGTGGCGGAGCTAACATGGGAGAATGGTCAGCTCGCCATGCATGGCCTCGGCGTCCCGCGCGTGGTGAACAAACCCAGCGCGTCGTCGCCGCCCTCGACGTGGGACAAGCCACGCGCCAGCGGCACGCTCGAGTCCATCGTCAACCAAGCCACCTCCCTCGGCGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807324.1
MNQCVPSWDLDDNNSKIKSNSPQDVPSLDYEVAELTWENGQLAMHGLGVPRVVNKPSASSPPSTWDKPRASGTLESIVNQATSLGEKESELGGHRAKANPAAVAMDALVPCGGGGHEQQHPAAAQAHVRGASRAGCSTRVSKCSGARAGSRSVGESATCGGGSDSRQTISIDTWGEREFGGPGFTSTASLISPENTISGQDYTKTSADDRDSVTLHSGSQASHRKGDEEGRRRDNGKSSVCTKRSRAAAIHNQSERKRRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器