Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000076`

染色体: Chr04 坐标: 701909-703342 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000076`
名称	SmilChr04G000076
描述	zinc finger protein ZAT4-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	701909 - 703342 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022003`
GeneID	`131022003`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022003`
原始查询	`SmilChr04G000076`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger protein ZAT4-like
产物	zinc finger protein ZAT4-like
Arabidopsis	`AT3G60580` (AT3G60580) C2H2-like zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825229] identity=38.7; qcov=1.09; evalue=3.44e-51; confidence=medium
Rice	`Os10g0555300` - identity=37.1; qcov=1.22; evalue=4.67e-53; confidence=medium
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF13894 (zf-C2H2_4); PF13912 (zf-C2H2_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022003

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807329.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807329.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807329.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807329.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807329.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:702630`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B139,B46,B71,C62
`Chr4:702727`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:702738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr4:702783`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,C44,C46
`Chr4:702885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr4:702946`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B109,B139,D6
`Chr4:702977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr4:703005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr4:703077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C20,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807329.1

301 aa

150

301

zf-C2H2_6

zf-C2H2_4

zf-C2H2_6

PF13912 zf-C2H2_6 5-28 aa PF13912 zf-C2H2_6 187-211 aa PF13894 zf-C2H2_4 227-249 aa PF13912 zf-C2H2_6 227-249 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807329.1`	Pfam	`PF13912`	zf-C2H2_6	Domain	5	28	6.7e-26	90.4	C2H2-type zinc finger
`XP_057807329.1`	Pfam	`PF13912`	zf-C2H2_6	Domain	187	211	6.7e-26	90.4	C2H2-type zinc finger
`XP_057807329.1`	Pfam	`PF13894`	zf-C2H2_4	Domain	227	249	1.4e-13	51.0	C2H2-type zinc finger
`XP_057807329.1`	Pfam	`PF13912`	zf-C2H2_6	Domain	227	249	6.7e-26	90.4	C2H2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951346.1
ACCTCTTGCGCTTATATTAGATTTTTGGTGTATTAATTGTCTCTTGCCGTTTCAAATAAAAATATAACCTCAAAAATAAATCCAGAATCGTATTTCTGTAATTTCTGTGAGAAAATATGTAGTATTTTATTTTTATTTATTACTACACTTTTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAGTATATATTCCCTGGGTGGAGGAATGCTTGTCACCTACTCCTGTTAGCTTCCACACTCTATGTACTTGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022003
ATGGAGAAGAAGCACAGATGCAAGCTCTGTTTCAGAAACTTCGCGAATGGGAGAGCTTTGGGCGGCCACATGAGATCTCACATGATGAAGTTATATGCGGGGGAGGAGGAGGAGGAGAAGGCTGGGGAAATCGAGCATGATTTTCAATCGTCGTATTCGCGGCCGTCGTCGTCGTCGTCGTCTTCGTCGGAGGAGGAGGAGGAATACGAGGGGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAGGAGAGGGAGAGGGGGTACGTGTTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807329.1
MEKKHRCKLCFRNFANGRALGGHMRSHMMKLYAGEEEEEKAGEIEHDFQSSYSRPSSSSSSSSEEEEEYEGEDEEEEEERERGYVLRENPKKSAIMADHDFSSVVVQDGESETESCRRRSKRVRSDFDVFEVRKAKQLLENEQASSPLSSVSDATPEEHVARCLIMLSRDTWHKVEKKMKNKFRGKYRCEECNKLFRSYQALGGHRASHKKIKAAPPPRTPSGKKIHQCPFCDRIFSSGQALGGHKRSHFIGAAAIERNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器