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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000078

染色体: Chr04 坐标: 715016-717974 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000078
名称SmilChr04G000078
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向715016 - 717974 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022004
GeneID131022004
locus_tag-
NCBI NameLOC131022004
原始查询SmilChr04G000078

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G15510 (ECB2)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838121]
identity=61.4; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0574800 (OsPPR6)
-
identity=55.8; qcov=0.928; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022004

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057807330.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057807330.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807330.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807330.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807330.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:715369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr4:715471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,C6
Chr4:715855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B55,B93,C40,C77,C82
Chr4:715885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C33
Chr4:716161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C33
Chr4:716428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr4:716514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C62
Chr4:716529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:716570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C33
Chr4:716872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C33
Chr4:716940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B115,C27
Chr4:717193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807330.1
877 aa
N
1
438
877
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 135-161 aa PF13041 PPR_2 161-210 aa PF01535 PPR 163-192 aa PF01535 PPR 238-264 aa PF01535 PPR 267-295 aa PF01535 PPR 340-360 aa PF13041 PPR_2 365-413 aa PF13812 PPR_3 366-412 aa PF01535 PPR 368-398 aa PF01535 PPR 441-467 aa PF01535 PPR 469-495 aa PF13812 PPR_3 565-612 aa PF13041 PPR_2 566-613 aa PF01535 PPR 569-596 aa PF01535 PPR 603-629 aa PF01535 PPR 641-664 aa PF20431 E_motif 683-745 aa PF14432 DYW_deaminase 794-870 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 135 161 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 161 210 1e-67 224.8 PPR repeat family
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 163 192 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 238 264 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 267 295 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 340 360 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 365 413 1e-67 224.8 PPR repeat family
XP_057807330.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 366 412 7.7e-23 81.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 398 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 441 467 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 469 495 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 565 612 7.7e-23 81.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057807330.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 566 613 1e-67 224.8 PPR repeat family
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 569 596 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 603 629 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 641 664 6.2e-60 196.1 PPR repeat
XP_057807330.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 683 745 1.6e-15 57.8 E motif
XP_057807330.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 794 870 7e-30 103.4 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951347.1
GTTTTACGTTATCCGAAATTCTTCTTTACGCAGTTAAACCTCAACTAAAACCCTCACTCCATTCTTCCAATGCCTGAGCAGCAAGAATGGCTGTCTCAACGAAAACCACACGAATTTCTCTCTGTTTCGAGCATTCAAATCCCCAATTTTCCAGAATGCCCAATTCTAGAAGTCAGAGTTTTGTTCAGATAATCTCGAGAAACAATCAATTTTCGCTCAGGAAAAGCCACCACAATTCTCTTCTAAACTCGAGCTCATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022004
ATGGCTGTCTCAACGAAAACCACACGAATTTCTCTCTGTTTCGAGCATTCAAATCCCCAATTTTCCAGAATGCCCAATTCTAGAAGTCAGAGTTTTGTTCAGATAATCTCGAGAAACAATCAATTTTCGCTCAGGAAAAGCCACCACAATTCTCTTCTAAACTCGAGCTCATCCTTCGCTGCTGACCCCAACTCGTATCTAACTCAGCTATGCACTCAAAGCGAGCTGAATCAAGCCGTGAATGTTCTTGCTTCTGTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807330.1
MAVSTKTTRISLCFEHSNPQFSRMPNSRSQSFVQIISRNNQFSLRKSHHNSLLNSSSSFAADPNSYLTQLCTQSELNQAVNVLASVGKELPTDIEEETFVSLVRLCEYKRASDEGSFIYSLVSNSITHLSLRLGNALLSMFVRLGNLGDAWYVFGKMEERDLFSWNVLIGGYAKKGFLEEAIELYGRMLWLGGAGVRPDVYTFPCVLRACGGLGNWEWGREIHGHVLRFGFEADVDVVNSLITMYVKCGDLWNARMVFDK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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