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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000101

染色体: Chr04 坐标: 911003-911864 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000101
名称SmilChr04G000101
描述pectinesterase inhibitor 9-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向911003 - 911864 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022028
GeneID131022028
locus_tag-
NCBI NameLOC131022028
原始查询SmilChr04G000101

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pectinesterase inhibitor 9-like
产物pectinesterase inhibitor 9-like
ArabidopsisAT1G62770 (AT1G62770)
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842576]
identity=39.9; qcov=0.921; evalue=4.13e-42; confidence=medium
RiceOs06g0711800
-
identity=36.9; qcov=0.781; evalue=2.29e-27; confidence=medium
GOGO:0004857 (enzyme inhibitor activity); GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity)
KEGG-
PfamPF04043 (PMEI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022028

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057807374.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807374.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807374.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807374.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807374.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:911381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C14,C36,C56
Chr4:911492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr4:911536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C56
Chr4:911547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,C15,C58
Chr4:911568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,C15,C58
Chr4:911605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B62,B67,C53,C64,C66
Chr4:911613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B48,B98,B99,C40
Chr4:911632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:911663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr4:911728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B99,C40,D10
Chr4:911787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr4:911794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807374.1
215 aa
N
1
108
215
PMEI
C
PF04043 PMEI 39-199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807374.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 39 199 3.7e-34 118.8 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951391.1
CACATTCAAAGTCAAACTCCAATCCCATAATCTCCCACTCACATCTAAACATGGCACAAATAATTACCTTCCTAGCACTTTCCCTCCTTGTCCTCACCCTAACCCTAGTTCAAGCCCAGCAGCACCCGGTCGCACCGCGGAGAGCTCGATCTAGGGCTAGGGTGTTCATCGAGTCGCAATGCCAGACGACGCTATATCCCACTCTGTGCGTAAAGTGCCTATCACCCTACGTCCCCAGCTTCACCAAAACCCTGAGTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022028
ATGGCACAAATAATTACCTTCCTAGCACTTTCCCTCCTTGTCCTCACCCTAACCCTAGTTCAAGCCCAGCAGCACCCGGTCGCACCGCGGAGAGCTCGATCTAGGGCTAGGGTGTTCATCGAGTCGCAATGCCAGACGACGCTATATCCCACTCTGTGCGTAAAGTGCCTATCACCCTACGTCCCCAGCTTCACCAAAACCCTGAGTCACCGGCAGTTAGCTCAGATTGCCCTGAAAGTGACCCTTGTCAGGGCCGAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807374.1
MAQIITFLALSLLVLTLTLVQAQQHPVAPRRARSRARVFIESQCQTTLYPTLCVKCLSPYVPSFTKTLSHRQLAQIALKVTLVRAETTQAYINGVAQRLNRTKGPEARSVKECLDQINDGVDQLTKCIKEAQHIKEDGGSSSEFTWHASNVQTWMSTALTDASMCIDGISGRAIGGKTKALIKARVLNLQQVTSIALALFNRFAARFRAAHLLKP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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