当前解析结果
SmilChr04G000101| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000101 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000101 |
| 描述 | pectinesterase inhibitor 9-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 911003 - 911864 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022028 |
|---|---|
| GeneID | 131022028 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022028 |
| 原始查询 | SmilChr04G000101 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pectinesterase inhibitor 9-like |
| 产物 | pectinesterase inhibitor 9-like |
| Arabidopsis | AT1G62770 (AT1G62770)Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842576] identity=39.9; qcov=0.921; evalue=4.13e-42; confidence=medium |
| Rice | Os06g0711800- identity=36.9; qcov=0.781; evalue=2.29e-27; confidence=medium |
| GO | GO:0004857 (enzyme inhibitor activity); GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04043 (PMEI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022028 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057807374.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807374.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807374.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807374.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057807374.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:911381 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C14,C36,C56 |
Chr4:911492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr4:911536 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,C56 |
Chr4:911547 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B138,C15,C58 |
Chr4:911568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B138,C15,C58 |
Chr4:911605 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B62,B67,C53,C64,C66 |
Chr4:911613 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B48,B98,B99,C40 |
Chr4:911632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:911663 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr4:911728 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B99,C40,D10 |
Chr4:911787 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr4:911794 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807374.1PF04043
PMEI 39-199 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807374.1 |
Pfam | PF04043 |
PMEI | Domain | 39 | 199 | 3.7e-34 | 118.8 | Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。