Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000112`

染色体: Chr04 坐标: 976610-979359 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000112`
名称	SmilChr04G000112
描述	uncharacterized SmilChr04G000112
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	976610 - 979359 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022042`
GeneID	`131022042`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022042`
原始查询	`SmilChr04G000112`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0134900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0134900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G45380` (AT2G45380) myeloid leukemia factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819145] identity=49.3; qcov=0.808; evalue=1.73e-54; confidence=high
Rice	`Os06g0134900` - identity=42.6; qcov=0.996; evalue=1.38e-57; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10248 (Mlf1IP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022042

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057807392.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057807394.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057807392.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057807392.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807394.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:977030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:977185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B121
`Chr4:977204`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A11,C16,C62
`Chr4:977204`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A11,C16,C62
`Chr4:977225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:977376`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	14	B11,B114,B120,B134,B17,B18,B23,B48,C18,C24,C27,C3,C30,C70
`Chr4:977841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:977854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B71,B78,B89,C61
`Chr4:978020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr4:978043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr4:978073`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	75	A13,A14,A21,A23,A25,A3,A4,A5,A8,A9,B1,B10,B100,B105,B109,B110,B111,B115,B119,B123,B130,B131,B134,B136,B138,B16,B17,B19,B26,B27,B29,B3,B38,B46,B48,B49,B54,B60,B63,B65,B66,B71,B86,B9,B90,B93,B95,C1,C12,C13,C15,C16,C17,C24,C25,C27,C28,C32,C36,C40,C44,C45,C48,C50,C51,C52,C61,C8,C83,C84,C87,C9,D2,D3,D9
`Chr4:978084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807392.1

308 aa

154

308

Mlf1IP

PF10248 Mlf1IP 45-236 aa

XP_057807393.1

308 aa

154

308

Mlf1IP

PF10248 Mlf1IP 45-236 aa

XP_057807394.1

266 aa

133

266

Mlf1IP

PF10248 Mlf1IP 45-236 aa

XP_057807395.1

266 aa

133

266

Mlf1IP

PF10248 Mlf1IP 45-236 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807392.1`	Pfam	`PF10248`	Mlf1IP	Family	45	236	2.1e-17	64.4	Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1-interacting protein
`XP_057807393.1`	Pfam	`PF10248`	Mlf1IP	Family	45	236	2.1e-17	64.4	Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1-interacting protein
`XP_057807394.1`	Pfam	`PF10248`	Mlf1IP	Family	45	236	7.5e-18	65.8	Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1-interacting protein
`XP_057807395.1`	Pfam	`PF10248`	Mlf1IP	Family	45	236	7.5e-18	65.8	Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1-interacting protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951411.1
AGGCGCAGCATGTTGTAGATATGAAAGTATGCAAGAAATTCGACACGTGTCAGCTTTAGACGGATCCACTGTAAAGGCTATATATATTCCTCCGAGCTCGAAAATGTATTCGCCCTCGTTTCTCCAAATCTATTTTCTCTCTCATTCTAAGCCAGAGGCGGAAAATAGAGAATTGCGAGCGCAATGCAAAGCAACAGAGAAGTGAGAGAGGATTCCAGAGCTGCTGGTAGGCAGTTCGACAGTTCTGGTAGCTTTGGTTT...

XM_057951409.1
ATGTTGTAGATATGAAAGTATGCAAGAAATTCGACACGTGTCAGCTTTAGACGGATCCACTGTAAAGGCTATATATATTCCTCCGAGCTCGAAAATGTATTCGCCCTCGTTTCTCCAAATCTATTTTCTCTCTCATTCTAAGCCAGAGGCGGAAAATAGAGAATTGCGAGCGCAATGCAAAGCAACAGAGAAGTGAGAGAGGATTCCAGAGCTGCTGGTAGGCAGTTCGACAGTTCTGGTAGCTTTGGTTTCCCTGACAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131022042
ATGCAAAGCAACAGAGAAGTGAGAGAGGATTCCAGAGCTGCTGGTAGGCAGTTCGACAGTTCTGGTAGCTTTGGTTTCCCTGACAGCATGTTCTCCAGCATATTCGGAGGGAAGGATCCTTTTGATGATCCTTTCTTTTCCCGGTCCCATGGGAGTTTGTTTGGATCAGACAATGTTAGCTCCGGTAATCCTGGCAACGTGCAGCACACGAGCAGATCAAAAGGACCAGTGATAGAAGAGCTGGACAGTGATGGTGAAGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057807392.1
MQSNREVREDSRAAGRQFDSSGSFGFPDSMFSSIFGGKDPFDDPFFSRSHGSLFGSDNVSSGNPGNVQHTSRSKGPVIEELDSDGEGAPEDEENDAGSASWTNKNPLVEHPDDQGDAHEKSPRKTGDVSSTANQNKVEAKKPLSHSVSFQKVTYGGINGSYYTATTSRRTGGDGVTWEESKQADRTTGQAAHKVSRGIHDKGHSVTRKLGSDGKVATVQTLQNLNEDELDGFEQAWGGIADSHLHSWNNTSDFPRISGIH...

XP_057807393.1
MQSNREVREDSRAAGRQFDSSGSFGFPDSMFSSIFGGKDPFDDPFFSRSHGSLFGSDNVSSGNPGNVQHTSRSKGPVIEELDSDGEGAPEDEENDAGSASWTNKNPLVEHPDDQGDAHEKSPRKTGDVSSTANQNKVEAKKPLSHSVSFQKVTYGGINGSYYTATTSRRTGGDGVTWEESKQADRTTGQAAHKVSRGIHDKGHSVTRKLGSDGKVATVQTLQNLNEDELDGFEQAWGGIADSHLHSWNNTSDFPRISGIH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器