Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000116`

染色体: Chr04 坐标: 1008178-1014169 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000116`
名称	SmilChr04G000116
描述	protein transport Sec1a-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1008178 - 1014169 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022046`
GeneID	`131022046`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022046`
原始查询	`SmilChr04G000116`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein transport Sec1a-like
产物	protein transport Sec1a-like
Arabidopsis	`AT1G02010` (SEC1A) secretory 1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839288] identity=68.1; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0135900` - identity=63.6; qcov=0.762; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006904 (GO:0006904); GO:0016192 (vesicle-mediated transport); GO:0019905 (syntaxin binding); GO:0030141 (secretory granule)
KEGG	-
Pfam	PF00995 (Sec1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022046

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.80000	`XP_057807399.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057807399.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057807399.1`
4	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.60000	`XP_057807399.1`
5	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057807399.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1008310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,B97
`Chr4:1010178`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:1010618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,A8,B103,B132,D6
`Chr4:1010781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B28,B41,C11,C59,C69
`Chr4:1011015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:1012885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr4:1013208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B53,B99
`Chr4:1013279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B53,B97,B99,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807399.1

664 aa

332

664

Sec1

PF00995 Sec1 43-645 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807399.1`	Pfam	`PF00995`	Sec1	Family	43	645	1.6e-128	431.1	Sec1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951416.1
ACCGCCACTTTTAACCGTCTCTCAATTTTGTTTCATTCTTCCTTCACTCCCCAAAAAATAACATAACAATTTCGATTTCGATTTGAATTCCGGCGCCGGGAAAATGTCCTTCTCGGATTCCGAGTGCTCCCAGGGCGCAGAGTACAAGACGCTCCGCCTCGTCAGCCGCGATCGATTATTGTATGAAATGCTCCAAGATGCTAAAGCAGGAGGTACGAGATCATCATGGAAGGTACTCATCATGGACAAAGTTACTGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022046
ATGTCCTTCTCGGATTCCGAGTGCTCCCAGGGCGCAGAGTACAAGACGCTCCGCCTCGTCAGCCGCGATCGATTATTGTATGAAATGCTCCAAGATGCTAAAGCAGGAGGTACGAGATCATCATGGAAGGTACTCATCATGGACAAAGTTACTGTAAAAGTGATGTCTCATTCATGTAAAATGGCAGATATCACAGACCAAGATGTTTCATTGGTGGAAGAACTTTTTAAAAGGAGAGAGCCTATGCCTTCAATGGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807399.1
MSFSDSECSQGAEYKTLRLVSRDRLLYEMLQDAKAGGTRSSWKVLIMDKVTVKVMSHSCKMADITDQDVSLVEELFKRREPMPSMDVIYFMQPARENLVMFLSDMSGREPLYRKAYIYFSTPVPKDLVSHIKSDSSVMPRIGALREMNLEYFPIDTQAFTTDQENALRELFGAENTSRADACLNLMATRLATVFASLKEFPFVRYKASKGGDGDNGNGRELIPKKLAEAVWKNITTYRSSIPKFPTAETCELLIVDRSID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器