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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000123

染色体: Chr04 坐标: 1057234-1061256 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000123
名称SmilChr04G000123
描述protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1057234 - 1061256 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022053
GeneID131022053
locus_tag-
NCBI NameLOC131022053
原始查询SmilChr04G000123

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6-like
产物protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6-like
ArabidopsisAT5G24530 (DMR6)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832524]
identity=67.3; qcov=1.01; evalue=1.99e-175; confidence=high
RiceOs03g0122300 (FLS)
-
identity=66.1; qcov=1; evalue=1.23e-177; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022053

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807409.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807409.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807409.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807409.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807409.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1059373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr4:1059610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:1059874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B104,B60,C26,D11
Chr4:1059988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr4:1060018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B104,D11
Chr4:1060021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:1060779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C15
Chr4:1060797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807409.1
336 aa
N
1
168
336
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 37-142 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 189-287 aa
XP_057807410.1
336 aa
N
1
168
336
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 37-142 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 189-287 aa
XP_057807411.1
336 aa
N
1
168
336
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 37-142 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 189-287 aa
XP_057807413.1
336 aa
N
1
168
336
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 37-142 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 189-287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807409.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 37 142 1e-28 101.0 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057807409.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 189 287 1.2e-35 122.6 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057807410.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 37 142 1e-28 101.0 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057807410.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 189 287 1.2e-35 122.6 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057807411.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 37 142 1e-28 101.0 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057807411.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 189 287 1.2e-35 122.6 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057807413.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 37 142 1e-28 101.0 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057807413.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 189 287 1.2e-35 122.6 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951426.1
AATCATCTGACCGTCCGATGAAATAATGAGTGATTAATATTTAAGCATCTGCGACTAATAATACCCTCTTTTTCTTAGCCAATAATACCCTTATTATAAGGTGAAGCTTTTTGAATTTATTTTGAAGTGCAAGCAGCGCCGCCGACCTACTACGCCACCGATGTCGACGGTTACGTAGGCGCCGACGCAAATCTCCACCGCGTTATGACGTCATTGCCGACGCCACTCATTATATCAGCAGCAACTTCCCATTACTATCT...
XM_057951428.1
TACCCTTATTATAAGGTGAAGCTTTTTGAATTTATTTTGAAGTGCAAGCAGCGCCGCCGACCTACTACGCCACCGATGTCGACGGTTACGTAGGCGCCGACGCAAATCTCCACCGCGTTATGACGTCATTGCCGACGCCACTCATTATATCAGCAGCAACTTCCCATTACTATCTCCATTTTACTTCTCTCTTGATAAAAAATTTTGCCAAATATGACGTCACTCGATTTCTCCGTGTTGACGTCAGCTGGGCTCCGAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131022053
ATGGAAACGAAGGTCATTAGTGGAGTAGAGTTCTCGAGCCTCCCTAGTAGCTACATCCGCCCCGAATCTGATAGGCCTAAGCTATCCGAAGTTACGGATTGTGATCATGTTCCGGTCATCGACTTGAGTTGTGAAGATCGTGGCCTGTTAGTTAAGCAGATCGGCGATGCTTGCCAAGAATATGGATTCTTTCAGGTGATCAATCATGCTGTGCCGAAAGAATTAGTGGATAGCATGGTGAAGGTGGCTCACGAATTCTT...
LOC131022053
ATGGAAACGAAGGTCATTAGTGGAGTAGAGTTCTCGAGCCTCCCTAGTAGCTACATCCGCCCCGAATCTGATAGGCCTAAGCTATCCGAAGTTACGGATTGTGATCATGTTCCGGTCATCGACTTGAGTTGTGAAGATCGTGGCCTGTTAGTTAAGCAGATCGGCGATGCTTGCCAAGAATATGGATTCTTTCAGGTGATCAATCATGCTGTGCCGAAAGAATTAGTGGATAGCATGGTGAAGGTGGCTCACGAATTCTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057807409.1
METKVISGVEFSSLPSSYIRPESDRPKLSEVTDCDHVPVIDLSCEDRGLLVKQIGDACQEYGFFQVINHAVPKELVDSMVKVAHEFFNLSVEEKMKLYSDDPSKPMRLSTSFNVRKETVHNWRDYFRLHCYPLEKYAPEWPSNPASFKDIVSAYCKEVRGLGFRLQEAISESLGLQKDSLKDVLGEQGQHMAINYYPSCPQPDLTYGLPAHTDPNALTILLQDMQVSGLQVLKDGKWLAIKPQPDAFVINLGDQIQALSN...
XP_057807410.1
METKVISGVEFSSLPSSYIRPESDRPKLSEVTDCDHVPVIDLSCEDRGLLVKQIGDACQEYGFFQVINHAVPKELVDSMVKVAHEFFNLSVEEKMKLYSDDPSKPMRLSTSFNVRKETVHNWRDYFRLHCYPLEKYAPEWPSNPASFKDIVSAYCKEVRGLGFRLQEAISESLGLQKDSLKDVLGEQGQHMAINYYPSCPQPDLTYGLPAHTDPNALTILLQDMQVSGLQVLKDGKWLAIKPQPDAFVINLGDQIQALSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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