当前解析结果
SmilChr04G000132| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000132 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000132 |
| 描述 | kinesin-like protein KIN-UB |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 1135253 - 1143031 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022063 |
|---|---|
| GeneID | 131022063 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022063 |
| 原始查询 | SmilChr04G000132 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kinesin-like protein KIN-UB |
| 产物 | kinesin-like protein KIN-UB |
| Arabidopsis | AT1G01950 (ARK2)armadillo repeat kinesin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839306] identity=71.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0152900 (KINUA)- identity=51.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0008574 (plus-end-directed microtubule motor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00225 (Kinesin); PF00514 (Arm); PF16796 (Microtub_bd) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022063 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057807424.1 |
| 2 | Phragmoplast | Phragmoplast | 1.00000 | XP_057807424.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057807424.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807424.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807424.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:1135703 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:1136168 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:1137962 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:1138439 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B44,B72,C45,D10 |
Chr4:1138547 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr4:1138996 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr4:1139287 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B124,B134,B49,B58,B79 |
Chr4:1139675 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr4:1139696 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B38,B39,C12,C36,D3 |
Chr4:1140665 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr4:1141024 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
Chr4:1141479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B138,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807424.1PF16796
Microtub_bd 33-189 aa
PF00225
Kinesin 52-386 aa
PF00514
Arm 652-689 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807424.1 |
Pfam | PF16796 |
Microtub_bd | Domain | 33 | 189 | 2e-18 | 67.5 | Microtubule binding |
XP_057807424.1 |
Pfam | PF00225 |
Kinesin | Domain | 52 | 386 | 1.5e-95 | 320.7 | Kinesin motor domain |
XP_057807424.1 |
Pfam | PF00514 |
Arm | Repeat | 652 | 689 | 1.4e-16 | 60.6 | Armadillo/beta-catenin-like repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。