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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000132

染色体: Chr04 坐标: 1135253-1143031 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000132
名称SmilChr04G000132
描述kinesin-like protein KIN-UB
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向1135253 - 1143031 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022063
GeneID131022063
locus_tag-
NCBI NameLOC131022063
原始查询SmilChr04G000132

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-UB
产物kinesin-like protein KIN-UB
ArabidopsisAT1G01950 (ARK2)
armadillo repeat kinesin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839306]
identity=71.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0152900 (KINUA)
-
identity=51.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0008574 (plus-end-directed microtubule motor activity)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF00514 (Arm); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022063

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057807424.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 1.00000 XP_057807424.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807424.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807424.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807424.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:1135703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:1136168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:1137962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:1138439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B44,B72,C45,D10
Chr4:1138547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr4:1138996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr4:1139287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B134,B49,B58,B79
Chr4:1139675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr4:1139696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,C12,C36,D3
Chr4:1140665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:1141024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr4:1141479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B138,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807424.1
877 aa
N
1
438
877
Microtub_bd
Kinesin
Arm
C
PF16796 Microtub_bd 33-189 aa PF00225 Kinesin 52-386 aa PF00514 Arm 652-689 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807424.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 33 189 2e-18 67.5 Microtubule binding
XP_057807424.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 52 386 1.5e-95 320.7 Kinesin motor domain
XP_057807424.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 652 689 1.4e-16 60.6 Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951441.1
TTTAATTTTTGCTGCTTCTCTGTTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTTTAAATTAATTTCCCCAAAGGAAAAATTGAGACAGAGAGAGAAATGGCTACAGGTGGTGGTAACCGCAACGGCGTGCACAAGTCTCCAAATCTCCGCACCTCCGCTTCGTTCAAATCCAAGCTCCCGACGTCTAATGTCCGCCGCAGCGCCGCCGCCGCCGCTGATTCCGTTTCAGGAAGAGTCCGAGTCGCTGTAAGATTGCGGCCTCGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022063
ATGGCTACAGGTGGTGGTAACCGCAACGGCGTGCACAAGTCTCCAAATCTCCGCACCTCCGCTTCGTTCAAATCCAAGCTCCCGACGTCTAATGTCCGCCGCAGCGCCGCCGCCGCCGCTGATTCCGTTTCAGGAAGAGTCCGAGTCGCTGTAAGATTGCGGCCTCGAAATACTGAAGAGTTGGTAGCAGATGCAGATTTTGCTGATTGTGTGGATTTGCAGCCAGAGCTTAAAAGGTTGAAACTTCGTAAAAACAATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807424.1
MATGGGNRNGVHKSPNLRTSASFKSKLPTSNVRRSAAAAADSVSGRVRVAVRLRPRNTEELVADADFADCVDLQPELKRLKLRKNNWDSDTFEFDEVLTEFASQKRVYEVVAKPVVESVLEGYNGTVMAYGQTGTGKTYTLGRLGDEDTSARGIMVRAMEDILANISPEIDSISVSFLQLYMESIQDLLNPANDNISIVEDQKTGDVSLPGATVWEIRDQQSFIQLLRLGEAHRIAANTKLNTESSRSHALLMVQVKKSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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